Hej Café.

En forholdsvis ny artikel i det meget højt ansete naturvidenskabelige tidsskrift Nature (Nature 423, 139 - 144 (08 May 2003) )ser ud til at tale imod centrale påstande (irreducibel kompleksitet) fremsat af den evolutionsskeptiske bevægelse Intelligent Design (ID).

I artiklen har nogle forskere lavet en computersimulering af en ’befolkning’ af computerprogrammer, der er lavet, så de kan kopiere sig, mutere og konkurrere, hvilket er hovedkriterierne for at selektion fungerer. Ved forsøgets start kan ingen programmer udføre regneoperationer, men kopiere sig selv. Computeren belønner fremkomsten af mere og mere komplekse regneprogrammer, hvor endemålet er den mest komplekse, kaldet EQU. Kun hvis funktionerne er 100% præcise belønnes de; her duer et halvt øje altså ikke.

Man kan altid argumentere for, at disse resultater ikke har relevans for livet pga. alle forskellene, men computerprogrammet er baseret på biologiske systemer og med biologisk relevante konstanter.

Hovedpointerne i artiklen er som følger ( i min oversættelse):

---

”Genomet af den første EQU-udøvende organisme havde 60 instruktioner; ved at fjerne hvilken som helst af 35 forskellige af disse, ødelagde man denne [EQU] funktion. På trods af, at mutation i blot én instruktion gav anledning til denne nye funktion, da den kom, afhænger EQU funktionen tydeligvis af mange indvirkende komponenter.” (s. 141, 2. kol., 3. afsnit)

”Altså, selvom mere end to dusin mutationer blev brugt til at skabe EQU, ville fjernelsen af en hvilken som helst af dem ødelægge denne funktion” (s. 141, 2. kol., 4. afsnit)

---

Dette demonstrerer for mig at se, at ’musefælde’-analogien er opfyldt: fjern én komponent, og systemet fungerer ikke. Man kan ikke bruge en halv EQU-udregning.

---

”Evolutionen af en kompleks egenskab såsom EQU er ikke altid en uundslippelig klatren op ad et ’fitness’-top, men kan i stedet involvere sideværts og endda nedadgående trin, hvoraf nogle er vigtige.” (s.141, 2.kol., 1. afsnit)

”Således afhang tre [af 23, T.] genotyper, der først udførte denne komplekse udregning, af en mutation ét trin før, som var skadelig, da den dukkede op.” (s. 142, 2.kol., 2. afsnit)

”Denne asymmetri kunne tænkes at betyde, at EQU var skrøbelig og ikke ville vare ved. Tværtimod vedblev EQU funktionen gennem hele eksperimentet fordi den, da den først var blevet udviklet, var så værdifuld, at defekte mutanter blev fjernet af selektionen” (s. 141, 2.kol., 4. afsnit)

”Dog var 27 ud af 35 af de instruktioner, som er nødvendige for at udføre EQU evolutionært afledt, og alle pånær én af disse var dukket op i slægtslinien før funktionen overhovedet blev udført. ”(s. 141, 2. kol., 4. afsnit)

---

Det, der her demonstreres er, at modsat ID’ernes påstande behøver samtlige trin i evolutionen af et komplekst system ikke at være af umiddelbar gavn, sålænge slutproduktet er af tilstrækkeligt stor værdi (analogt til en kemisk reaktion). Den anke falder for mig at se simpelthen til jorden. Tilmed vil en del instruktioner (gener) ophobes i visse, få organismer længe nok til, at de kan bruges, selvom de måske umiddelbart er af skade eller blot unytte.

---

"Af de 35 instruktioner, der krævedes for EQU, var de 22 nødvendige for simplere funktioner. Tre instruktioner, der krævedes for EQU, var også nødvendige for kopieringen; disse var bevaret fra forfaderen såvel som fem andre." (s. 141, 2. kol., 4. afsnit).

---

Her ses det, at kombinationen af mutationer og naturlig selektion gør organismerne i stand til at genanvende masser af andre gener/instruktioner. Ergo er der intet behov for en skabelsesproces. Se i denne sammenhæng iøvrigt denne tråd.

---

”Disse vendepunktsmutationer inkluderede punktmutationer, insertioner, en lille duplikation og endda deletioner. ... Derfor gav mange forskellige mutationer anledning til EQU funktionen i den rette genomiske kontekst.” (s.141, 2.kol., 5. afsnit)

”At følge én bestemt rute er ekstremt usandsynligt, men den komplekse funktion udvikledes med en høj grad af sandsynlighed, hvilket antyder et meget stort antal mulige ruter.” (s. 143, 1.kol., 3. afsnit)

---

Dette er måske ikke henvendt så meget til ID-tilhængere som til ungjordskreationister, men det viser, at organismer udvikler sig viltert, prøver hele tiden at udnytte ”den tilstødende mulighed”, som Stuart Kauffmann kalder det. Det viser også, at ’usandsynlighedsargumentet’ kommer til kort over for de tidsrum, evolution virker over og den kraft, der ligger i naturlig selektion. Endelig demonstrerer det til fulde, at 'blinde' mutationer sagtens kan skabe ny information, somme tider endda ved at slette gammel.

---

”...vore forsøg viste, at den komplekse egenskab aldrig udvikledes, hvis simplere funktioner ikke blev belønnet.” (s. 143, 1.kol., 3. afsnit)

---

...og her fremgår det, at fremkomsten af komplekse, tilsyneladende irreducible strukturer kræver, at naturlig selektion tillades at virke. Hvor ironisk.


Mvh
Torben

P.s. Dette er også postet på ateist.org og skabelse.dk

Café,

Torben skrev:

[...]

To>En forholdsvis ny artikel i det meget højt ansete naturvidenskabelige tidsskrift
>Nature (Nature 423, 139 - 144 (08 May 2003) )ser ud til at tale imod centrale påstande
>(irreducibel kompleksitet) fremsat af den evolutionsskeptiske bevægelse Intelligent
>Design (ID).

Tak til Torben for dette. Her er mine (oversatte) kommentarer til artiklen, som jeg skrev i et andet forum:

---------------------------------------------------------------------------------------------------------
Artiklen er tilgængelig on-line på http://myxo.css.msu.edu/papers/nature2003/, og selvom jeg kun har haft tid til at skimme den, er det klart at en masse menneskelig intelligens var nødvendigt for at nå det ønskede resultat. For eksempel havde forskerne sikret sig, at programmet ville finde den ønskede funktion ved at indsætte en mængde `trædesten' med gradvist øgende fitness-værdier, der ledte til den ønskede funktion:

---

Tabel 1 Belønninger for at udføre ni en- og to-input logiske funktioner

Funktionens navn Logisk funktion Belønning
NOT ~A; ~B 2
NAND ~(A and B) 2
AND A and B 4
OR_N (A or ~B); (~A or B) 4
OR A or B 8
AND_N (A and ~B); (~A and B) 8
NOR ~A and ~B 16
XOR (A and ~B) or (~A and B)16
EQU (A and B) or (~A and ~B)32

---

Forfatterne indrømmer, at "kortene" er "arrangerede", men forsvarer det ved at henvise til, at det er, "hvad evolutionsteorien kræver", og ellers fungerer programmet ikke:

---

"Nogle læsere vil måske foreslå, at vi `arrangerede kortene' ved at studere udviklingen af en kompleks struktur, der kunne konstrueres udfra simplere funktioner, der også var nyttige. Dette er det præcist hvad evolutionsteorien kræver, og sandelig, vores eksperimenter viser, at den komplekse struktur aldrig udviklede sig når simplere funktioner ikke blev belønnet." (Lenski R.E., Ofria C., Pennock R.T. & Adami C., 2002, "The evolutionary origin of complex features", Nature 423:139-44, p. 143)

---

Dette lyder som et godt eksempel på det, som Dembski kaldte `front loading' af design gennem fitness-funktionen (se signatur).

Det er også interessant at bemærke, at en af forfatterne er Robert T. Pennock, videnskabsfilosof og forfatter til den højst ID-kritiske bog "Tower of Babel". En anden kunne let spekulere på hvilken rolle en videnskabsfilosof kunne spille i en artikel om en computersimulation af kunstigt liv?
---------------------------------------------------------------------------------------------------------

[...]

---------------------------------------------------------------------------------------------------------
Guds fred,
Andreas

"Vast is the catalogue of conditions that the fitness function induced by differential survival and reproduction needs to satisfy if the spectacular diversity of living forms that we see on earth is properly to be attributed to a Darwinian form of evolution. Such a catalogue is going to require a vast amount of specified complexity, and this specified complexity will be reflected in the fitness function that, as Darwinists rightly note, is nonarbitrary but, as Darwinists are reluctant to accept, is also not a free lunch. Throw together some replicators, subject them to differential survival and reproduction, perhaps add a little game theory to the mix (á la Robert Wright), and there is no reason to think you will get anything interesting, and certainly not a form of Darwinian evolution that is worth spilling any ink over. Thus I submit that even if Darwinian evolution is the means by which the panoply of life on earth came to be, the underlying fitness function that constrains biological evolution would not be a free lunch and not a brute given, but a finely crafted assemblage of smooth gradients that presupposes much prior specified complexity." (Dembski W.A., 2002, "No Free Lunch: Why Specified Complexity Cannot Be Purchased without Intelligence", Rowman & Littlefield: Lanham MD, pp. 211-2)
Hjemmeside: http://www.geocities.com/evolutionsteori/
---------------------------------------------------------------------------------------------------------

Hej Café

Andreas skrev:
[...]
An> er det klart at en masse menneskelig intelligens var nødvendigt for at nå det ønskede resultat.

Insinuationer, insinuationer. Deres forsøgsopstiling er frit tilgængelig i artiklen som i alle andre artikler. ALLE forsøg involverer da selvfølgelig en masse menneskelig intelligens for at få forsøgsopstillingen til at ligne den rigtige verden.


An>For eksempel havde forskerne sikret sig, at programmet ville finde den ønskede funktion ved at indsætte en mængde `trædesten' med gradvist øgende fitness-værdier, der ledte til den ønskede funktion:

Men de redegør for, hvorfor fitness-funktionerne har stigende værdi og det er objektivt og står enhver frit for at vurdere:

---

"Belønningen for udregningsbedrift øges med 2^n, hvor n er det mindste antal operationer af 'nand'-typen nødvendig for at udføre den nævnte operation" (s. 140, Tekst til tabel, min oversættelse)

---

På samme måde kan man sige, at et komplekst immunforsvar er mere 'værd' end et simpelt, så det giver bedre overlevelsesværdi.


An>Forfatterne indrømmer, at "kortene" er "arrangerede", men forsvarer det ved at henvise til, at det er, "hvad evolutionsteorien kræver", og ellers fungerer programmet ikke:

"Nogle læsere vil måske foreslå, at vi `arrangerede kortene' ved at studere udviklingen af en kompleks struktur, der kunne konstrueres udfra simplere funktioner, der også var nyttige. Dette er det præcist hvad evolutionsteorien kræver, og sandelig, vores eksperimenter viser, at den komplekse struktur aldrig udviklede sig når simplere funktioner ikke blev belønnet." (Lenski R.E., Ofria C., Pennock R.T. & Adami C., 2002, "The evolutionary origin of complex features", Nature 423:139-44, p. 143)


Dette lyder som et godt eksempel på det, som Dembski kaldte `front loading' af design gennem fitness-funktionen (se signatur).

Jeg synes ikke du citerer dem loyalt. De skriver, at nogle ville mene kortene var arrangerede, men det er jo den hypotese, der skal testes: kan gradvis evolution skabe dette? Ja, det kan det, inden for reglerne af gradvis evolution. Hvad odiøst er det i dette? De skriver ligeud, at naturlig selektion er nødvendig for at få det til at køre!


Det er også interessant at bemærke, at en af forfatterne er Robert T. Pennock, videnskabsfilosof og forfatter til den højst ID-kritiske bog "Tower of Babel". En anden kunne let spekulere på hvilken rolle en videnskabsfilosof kunne spille i en artikel om en computersimulation af kunstigt liv?

Alle ved jo også, at Behe og Dembski er højst evolutionskritiske, så hvis de kan publicere, hvor er så problemet her? Pennock har måske hjulpet de andre til at imødegå Behes anker præcist. Behe klager jo over, at de spørgsmål, han rejser ikke er blevet besvaret (underforstået: fordi de ikke kan besvares). Når det så sker, så er det heller ikke godt nok eller hvad?

Jeg ser frem til et svar.


Mvh
Torben

Hej Café

Det er først senere gået op for mig, hvor meget Andreas højst sandsynligt ubevidst har fordrejet forfatternes ord i den ovennævnte artikel:

An>Forfatterne indrømmer, at "kortene" er "arrangerede", men forsvarer det ved at henvise til, at det er, "hvad evolutionsteorien kræver", og ellers fungerer programmet ikke:

"Nogle læsere vil måske foreslå, at vi `arrangerede kortene' ved at studere udviklingen af en kompleks struktur, der kunne konstrueres udfra simplere funktioner, der også var nyttige. Dette er det præcist hvad evolutionsteorien kræver, og sandelig, vores eksperimenter viser, at den komplekse struktur aldrig udviklede sig når simplere funktioner ikke blev belønnet." (Lenski R.E., Ofria C., Pennock R.T. & Adami C., 2002, "The evolutionary origin of complex features", Nature 423:139-44, p. 143)(min fremhævelse, Andreas' oversættelse)

Simuleringen skal undersøge, hvorvidt naturlig selektion (inkl. forskellige fordele af forskellige mutationer = belønning) er i stand til at udvirke disse komplekse systemer. Når man fjerner belønningen (= fjerne naturlig selektion), duer udviklingen ikke. Dette udlægges af Andreas som om "kortene er arrangerede", for "ellers fungerer programmet ikke". Det mener jeg er en stor fejllæsning og ikke repræsentativt for, hvad forfatterne siger. Det er da snarere en kontrol af, at det rent faktisk er naturlig selektion og ikke bare tilfældigheder, der driver udviklingen. I al forskning laver man kontrolforsøg for at sikre sig, at det er den faktor, man kigger på, der gør forskellen.
Fejllæsningen øger desværre atmosfæren af konspiration over artiklen.

Mvh
Torben

Café,

Jeg har downloadet artiklen af Lenski et al., og vil få den printet ud i morgen, så jeg forhåbenligt kan få den læst grundigt igennem i weekenden. Men for at Torbens beskyldninger om ubevidst fordrejning og konspirationsteorier ikke skal hænge i luften så længe, vil jeg besvare dette indlæg med det samme.

Torben skrev:

[...]

To>Det er først senere gået op for mig, hvor meget Andreas højst sandsynligt
>ubevidst har fordrejet forfatternes ord i den ovennævnte artikel:

Tak til Torben for i det mindste at holde den mulighed åben, at "fordrej[ningen]" har været "ubevidst", dvs. at den ikke blev begået med ond hensigt. Men som jeg skal vise, er der ikke tale om en "fordrej[ning]" fra min side, men snarere Torben, der har misforstået, hvad jeg (og sikkert også Lenski et al.) siger.

>An>Forfatterne indrømmer, at "kortene" er "arrangerede", men forsvarer det ved at
>>henvise til, at det er, "hvad evolutionsteorien kræver", og ellers fungerer programmet
>>ikke:
>>
>> "Nogle læsere vil måske foreslå, at vi `arrangerede kortene' ved at studere
>> udviklingen af en kompleks struktur, der kunne konstrueres udfra simplere
>> funktioner, der også var nyttige. Dette er det præcist hvad evolutionsteorien kræver,
>> og sandelig, vores eksperimenter viser, at den komplekse struktur aldrig udviklede
>> sig når simplere funktioner ikke blev belønnet." (Lenski R.E., Ofria C., Pennock R.T. &
>> Adami C., 2002, "The evolutionary origin of complex features", Nature 423:139-44, p.
>> 143)(min fremhævelse, Andreas' oversættelse)

To>Simuleringen skal undersøge, hvorvidt naturlig selektion (inkl. forskellige fordele af
>forskellige mutationer = belønning) er i stand til at udvirke disse komplekse systemer.
>Når man fjerner belønningen (= fjerne naturlig selektion), duer udviklingen ikke. Dette
>udlægges af Andreas som om "kortene er arrangerede", for "ellers fungerer
>programmet ikke".

Forkert. Min anke gik ikke på, at der var en `belønning', men at belønningerne var arrangeret med stigende værdi mod den ønskede funktion, som en række `trædesten':

---

http://jesusnet.dk/cafethomas/forum/showthreaded.php?&Board=tro&Number=21342 [...]

For eksempel havde forskerne sikret sig, at programmet ville finde den ønskede funktion ved at indsætte en mængde `trædesten' med gradvist øgende fitness-værdier, der ledte til den ønskede funktion: [...]

---

To>Det mener jeg er en stor fejllæsning og ikke repræsentativt for, hvad forfatterne
>siger.

Enig, hvis det var det, jeg havde påstået. Men det er Torbens "..læsning", der "ikke [er] repræsentativ.. for, hvad" jeg siger. Se ovenfor.

[...]

Guds fred,
Andreas
Hjemmeside: http://www.geocities.com/evolutionsteori/

Shalom:o)

Tilgiv mig hvis jeg lyder lidt... provokerende... det er ikke min hensigt...

I bruger godt nok en masse fine og svære ord... men hvad med os "almindelige" mennesker der ikke fatter bare en brøkdel af hvad det her går ud på??
Kunne en af jer forklare det i et sprog vi kan forstå?? Vil gerne kunne følge med:o)...

Guds fred....

Jeg forstår slet ikke dette svar. Det, du citerer fra mit indlæg Andreas, er noget jeg har sakset direkte fra dit. Dernæst svarer du på noget helt andet, noget, jeg allerede har berørt, nemlig værdien af de opståede egenskaber.

Disse egenskaber leder ikke direkte til hinanden (det ses ved det store antal måder, den bedste funktion, EQU, kan nåes på), og værdien af egenskaberne er tillagt direkte ud fra deres beregningsmæssige kompleksitet. Derfor synes jeg ikke din beskyldning om "trædesten" er rimelig.

Så vidt jeg kan se, forholder du dig ikke til mit citat fra dit indlæg:

An>Forfatterne indrømmer, at "kortene" er "arrangerede", men forsvarer det ved at henvise til, at det er, "hvad evolutionsteorien kræver", og ellers fungerer programmet ikke:

"Nogle læsere vil måske foreslå, at vi `arrangerede kortene' ved at studere udviklingen af en kompleks struktur, der kunne konstrueres udfra simplere funktioner, der også var nyttige. Dette er det præcist hvad evolutionsteorien kræver, og sandelig, vores eksperimenter viser, at den komplekse struktur aldrig udviklede sig når simplere funktioner ikke blev belønnet." (Lenski R.E., Ofria C., Pennock R.T. & Adami C., 2002, "The evolutionary origin of complex features", Nature 423:139-44, p. 143)(min fremhævelse, Andreas' oversættelse)

Jeg mener, at det i dit indlæg fremgår som om de to passager med fed skrift skal forestille at være ækvivalente. Det mener jeg ikke de er. Hvis jeg tager fejl i min forståelse af dette, tager jeg det i mig igen. Det mener jeg ikke, du har vist, at jeg gør endnu.

Jeg beklager inderligt, hvis jeg fik antydet (på trods af, at jeg skrev "højst sandsynlig ubevidst"), at du skulle have gjort det med vilje. Jeg mener dog, at der er tale om en fordrejning af deres tekst i din sammenfatning, og at denne holdning først virkelig ville ligne en beskyldning uden mit forbehold.

God læselyst.

Mvh
Torben

Jeg skal gøre mit bedste for at forklare dette mindre teknisk.

Nogle evolutionsskeptiske forskere mener, at et begreb kaldet 'irreducibel kompleksitet' (IK) forhindrer, at visse, meget komplekse systemer kan være udviklet ved evolution, altså at de ikke kan reduceres til et simplere system, fordi alle dele er afhængige af hinanden. Et eksempel er den serie reaktioner, der leder til blodets størkning. Som vi ved fra folk med blødersygdomme, virker denne størkning meget dårligt, hvis man blot fjerner ét enkelt stof (dvs. et gen) fra serien af reaktioner.

Hermed skulle en trinvis udvikling være udelukket. Evolutionsteorien påstår nemlig, at naturlig selektion fungerer ved en gradvis udvikling af nye egenskaber (gen), der hver især har en særlig overlevelsesværdi. Pga. denne forskel i værdier, vil væsner, der har de bedste egenskaber overleve bedre og få flere afkom end væsner med dårligere egenskaber. Tilhængerne af IK mener, at alle trin i udvikingen af et komplekst system skal udvise denne bedre overlevelse for at evolutionsteorien kan være rigtig.

En yndet sammenligning er musefælden. Hvis man fjerner én del fra musefælden duer den slet ikke mere. Derfor er det svært at forestille sig hvordan en musefælde skulle have udviklet sig trinvist, hvor hvert trin skulle gøre den mere og mere effektiv, fordi hvis man fjerner fx fjederen fra musefælden, duer den ikke med 20% eller 40%, den duer slet ikke.

Den artikel, jeg har omtalt her på jesusnet.dk kommer med en række svar på disse udeståender. Forfatterne har lavet en computersimulation af 3.500 computerorganismer, der er udsat for naturlig selektion. De kan kopiere sig som levende væsner, de muterer i deres 'gener' (instruktioner), og der er en forskel i overlevelsesværdi af de forskellige udgaver af deres 'gener'. Deres udvikling måles i forhold til, hvor komplekse regneoperationer, de kan udføre. Ved forsøgets start kan de ikke udføre nogen, kun kopiere sig selv. Endemålet er den mest komplekse regneoperation, kaldet EQU

1. Først viser forfatterne, at ud af organismens 60 instruktioner, er de 35 strengt nødvendige for at udføre EQU. Hermed ligner billedet musefælden ret godt. Alle komponenter er nødvendige for at funktionen er bevaret.

2. Dernæst viser forfatterne, at blandt de mange mutationer, der var nødvendige for at komme frem til EQU, er en stor del i sig selv skadelige for organismen. Det vil altså sige, at IK-tilhængernes krav om, at alle trin på vejen skal være af fordel, ikke holder stik.

3. Derpå viser forfattene, at 22 ud af 35 instruktioner nødvendige for EQU bruges til noget andet i organismen også. Dette demonstrerer, at organismen genbruger hvad der er for hånden. Der er derfor ingen grund til at operere med en skaber.

4. Forfatterne viser også, at én bestemt vej til EQU er meget usandsynlig, men alligevel er fremkomsten af EQU udbredt. Dette tyder på, at der er mange uafhængige veje til EQU, og at mutationer sammen med naturlig selektion kan afsøge dem.

5. Endelig viser forfatterne, at hvis man fjerner den naturlige selektion (ikke belønner mindre komplekse funktioner), duer skidtet ikke. Altså er evolution ligefrem nødvendig for udviklingen af komplekse funktioner i dette system.


Man skal være opmærksom på, at der er begrænsninger i at simulere en biologisk evolution som her, men hovedsigtet med dette forsøg er om mekanismen naturlig selektion kan frembringe tilsyneladende irreducibelt komplekse strukturer, og det kan den tilsyneladende godt.

Andreas mener, at forsøget er opbygget, så organismerne af sig selv vil finde frem til det 'rigtige' svar. Det mener jeg er forkert. Dels er værdierne af de forskellige funktioner tildelt efter en objektiv skala (hvor meget, de rent faktisk giver til organismen), dels leder en simplere funktion på ingen måde til en mere kompleks. Dette kan ses ved det, at blandt de mange organismer, der udviklede EQU, manglede alle nogle af de simplere funktioner, og der var ikke nogen enkelt af de simplere funktioner, der var nødvendige for udviklingen af EQU.

Jeg håber det forklarer problemstillingen for alle de, der ikke er biologi-nørder.

Mvh
Torben

Shalom:o)

Ja, det hjalp ihvertfald lidt på det:o)

Tak for hjælpen og at du ville bruge tid på at forklare det....

Vil nu stadig holde mig ude af denne debat, da jeg ikke har sagligheden til at kunne udtale mig:o)

Guds fred....

Hej,
Jeg takker også for opsummeringen, for jeg forstod det faktisk heller ikke første gang, eller rettere: blandingen af computerteknik med biologi var så tilpas forvirrende, at denne opsummering gør det noget lettere at hoppe ind. NU vil jeg læse Nature-atikelen!

mvh
LarsBj

Hej Torben,
Ja dette indlæg besvarer Andreas' anke. Jeg har her i dag læst artiklen og er enig med dig: De tester en bestemt hypotese: Kan komplekse egenskaber udvikles af simplere egenskaber, der hver for sig er gavnlige ved gradvise mutationer, deletioner og genfordoblinger? Og svaret er, at det kan de!

Og det er netop interessant at se, at ikke alle mutationer på vejen til den komplekse struktur er gavnlige, men kan være skadelige, hvis blot de opvejes af senere gavnlige mutationer, Med andre ord: ikke alle trin i processen behøver at være gavnlig. Nogle skadelige trin er endog FORUDSÆTNINGEN for at den komplekse funktion kan opstå.

Og deres opstilling af belønninger må også siges at være rimelig: Mere kompleks funktion må give en YDERLIGERE fordel frem for en mere simpel, ellers er den for "dyr i drift" for en organisme og vil sluttelig udkonkurreres af en mere simpel med samme funktion - en mere strømlinet struktur.

Men selv om udviklingen af en kompleks egenskab som forudsætning har simplere egenskaber med en vis nytteværdi er det bemærkelsesværdigt, at ikke ALLE grundpillerne behøver at være nyttige. Nogle, men ikke alle, kan være uden værdi, når blot slutproduktet har en stor nytteværdi. Hvis alle trinene på vejen er nytteløse, vil den komplekse egenskab kun opstå ved et lykkeligt tilfælde, og det er jo ikke det, der er til debat: men om darwinsk evolution kan føre til den komplekse egenskab.

Jeg er også enig med dig i, at forskerne ikke "viser vejen" eller leder evolutionen. De tildeler ikke selektive værdier, men lader det "digitale økosystem" klare udvælgelsen af levedygtige organismer ("As in nature, selection in Avida depends on the phenotypic effects of a mutation in its genetic context and in relation to the organism’s environment; the researcher does not specify a distribution of selection coefficients", s 140, 1. spalte, 1. afsnit). De anvender simpelt hen evolutionslærens forudsætninger ved at antage, at mere komplekse funktioner har en tilvækst i nytteværdi ("However, that is precisely what evolutionary theory requires, and indeed, our experiments showed that the complex feature never evolved when simpler functions were not rewarded"; s 143, "Discussion" 1. afsnit).

mvh
LarsBj

Café,

Kefas Ben-Adam skrev:

[...]

KB>Kunne en af jer forklare det i et sprog vi kan forstå??

Her er mit forsøg på et beskrive programmet med lægmandstermer. Selve mine kommentarer til dets resultater vil jeg gemme til et andet indlæg.

Programmet starter med en flok, eller population, af organismer. Hver organisme har et `genom', dvs. deres gener, der indeholder nogle forskellige instruktioner, ligesom vi også har forskellige gener i vores DNA. Sat sammen på forskellige måder gør disse instruktioner organismen i stand til at udføre nogle forskellige logiske operationer. Disse betegnes med nogle fine navne som NAND og OR_N, men det er ikke nødvendigt at vide, hvad de betyder. For at sammenligne med biologiske organismer kunne man sige, at der var tale om funktioner som at kunne flyve, løbe hurtigt, og så videre.

Ligesom biologiske organismer kan disse organismer også formere sig, hvilket kræver energi, i programmet kaldet SIP. Der er to måder for en organisme at få energi, eller SIP: Hvis den er i stand til at udføre en eller flere funktioner, bliver den belønnet med en hvis mængde SIP, alt efter, hvilke funktioner, der er tale om. Man kan sige, at organismen får en større belønning, hvis den har gode øjne, end hvis den har tyk pels. En anden måde at få SIP på, er ved at have et langt genom (mange instruktioner): Jo flere instruktioner, jo mere SIP får du.

Forskerne konstruerede en mængde organismer med tilfældige genomer og gav dem muligheden for at kunne formere sig. De organismer, der var hurtigst til at samle SIP kunne også formere sig hurtigst, og erstattede dermed de langsomme organismer. Undervejs blev organismerne udsat for mutationer, der kunne forbedre dem eller gøre dem dårligere. På et tidspunkt var der en organisme, der havde udviklet en funktion, der kaldes EQU. Igen, hvad dette betyder er ikke så vigtigt; det afgørende var, at hvis man fjernede en af dens instruktioner, var den ikke længere i stand til at udføre denne funktion.

Torben og Lars mener, at denne simulation besvarer de argumenter, som biokemikeren Michael Behe har rejst mod darwinismen, og som tilhængere af intelligent design (som mig) har fremført i diskussionsfora som dette. Jeg mener, at de tager fejl i dette, hvilket jeg vil vise i mit næste indlæg, som jeg sidder og skriver på i øjeblikket.

Jeg håber, at dette har været oplysende, ellers må Kefas (eller andre) spørge igen.

[...]

Guds fred,
Andreas
Hjemmeside: http://www.geocities.com/evolutionsteori/

Ikke helt rigtigt Andreas. I case-studiet kan organismerne ikke udføre logiske operationer ("The ancestor could replicate but could not perform any logic function. However, an organism that evolved one or more of nine logic functions would obtain further energy. The benefit increased exponentially with the approximate difficulty of each function") før de har udviklet dem. Og de er sådan programmeret, at kopieringen af genomet foregår med små fejl, altså mutationer, der kunne være punkt- fordoblings- eller deletionsmutationer. Rammer mutationen en gavnlig funktion bliver organismen belønnet med ekstra SIP.

EQU er den mest komplicerede funktion, og der var ikke en men mange organismer (240 vistnok) der ramte denne operation. Vejene til denne kunne være forskellige, som det ses i det fylogenetiske træ i artikelen.

Men ellers tak for gennemgangen. Det er godt at få det vendt nogen gange, for det er ret kompliceret stof .

mvh
LarsBj

Café,

LarsBj skrev:

LB>Ikke helt rigtigt Andreas. I case-studiet kan organismerne ikke udføre logiske
>operationer ... før de har udviklet dem.

Hvordan er dette forskelligt fra det, jeg skrev ("Forskerne konstruerede en mængde organismer med tilfældige genomer og gav dem muligheden for at kunne formere sig.")?

LB>Og de er sådan programmeret, at kopieringen af genomet foregår med små fejl,
>altså mutationer, der kunne være punkt- fordoblings- eller deletionsmutationer.

Dette skrev jeg også: "Undervejs blev organismerne udsat for mutationer, der kunne forbedre dem eller gøre dem dårligere."

[...]

Guds fred,
Andreas
Hjemmeside: http://www.geocities.com/evolutionsteori/

Café,

Jeg har nu fået læst artiklen igennem, og det lader til, at der er endnu flere problemer med AVIDA-simulationens relevans for irreducérbar kompleksitet (IK), end jeg først antog.

Først og fremmest er det langtfra klart, at den opnåede funktion (EQU) virkelig er IK. I sit første indlæg påstod Torben, at EQU opfyldte Behes "`musefælde’-analogi..": "fjern én komponent, og systemet fungerer ikke." Men forfatterne selv påstår på intet tidspunkt, at EQU er IK, og siger kun, at "denne funktion" (EQU) forsvandt, hvis man slettede en instruktion:

---

"Genomet hos den første organisme, der udførte EQU, var på 60 instruktioner; fjernede man en hvilken som helst blandt 35 instruktioner, ødelagde man denne funktion." (Lenski R.E., Ofria C., Pennock R.T. & Adami C., 2002, "The evolutionary origin of complex features", Nature 423:139-44, p. 141, min fremhævelse. Dette og alle andre citater fra artiklen er oversat af mig)

---

Og hvis man kigger på figur 4 på side 142, er det klart, at langt størstedelen af mutanterne er i stand til at udføre en eller anden funktion og formere sig, hvis man sletter en af de 35 `nødvendige' instruktioner. Så IK er langtfra "ude i tovene".

Desuden ser jeg en hel del aspekter ved simulationen, der ikke er biologisk realistiske, og som `tipper vægtskålen' til fordel for evolutionsteorien.

a) Mutationerne: I virkelighedens verden foregår mutationer på nukleotide-niveau, dvs. de enkelte `trin' i `DNA-stigen'. Men i AVIDA-simulationen er det enkelte instruktioner (der hver især består af flere linjer i den underliggende sourcekode), der bliver indsat og flyttet rundt. Det ville svare til, at en mutation frembragte et fuldt færdigt gen på én gang. Dette er åbenlyst ikke biologisk realistisk.

b) Fitness-funktionen, eller de belønninger, som organismerne får: En organisme har brug for små stykker enrgi, kaldet SIP'er, for at formere sig. Jeg har allerede gjort opmærksom på, at de forskellige funktioner, der leder til EQU, resulterer i gradvist stigende energibelønninger, dermed fungerende som en række `trædesten' til funktionen. Derudover har forskerne valgt at belønne organismer med lange genomer, uanset hvilke funktioner de er i stand til at udføre: "... hver organisme modtager SIP'er i proportion til dens genomlængde." (p. 140) Dette sikrer, at organismer vil udvikle længere genomer, der er nødvendige for at de senere kan udføre EQU-funktionen.

Men i virkelighedens verden er det lige omvendt: Et længere genom kræver mere energi at kopiere og vedligeholde, og hvis det ikke øger organismens evner, vil det ikke blive belønnet - snarere tværtimod.

c) Den naturlige udvælgelse: I virkelighedens verden må enhver organisme kæmpe for overhovedet at overleve længe nok til at kunne formere sig. En dårligt tilpasset organisme vil hurtigt bukke under, uanset hvor godt eller dårligt resten af flokken er tilpasset. Men sådan er det ikke i AVIDA-simulationen. Hér kan man kun `dø', hvis en af ens `naboers' afkom overtager ens plads:

---

"Når en organisme kopierede sit genom og formerede sig, blev det resulterende afkom tilfældigt placeret i en af de otte tilstødende celler eller i dets forældrers celle. Hver fødsel resulterede i døden for det individ, der blev afløst, hvilket holdt populationsstørrelsen konstant." (p. 143)

---

Så selv hvis en organisme ikke var i stand til at udføre nogen funktioner (udover at reproducere sig selv, hvilket de alle havde fået evnen til ved designernes programmering), ville den kunne overleve, hvis blot dens naboer ikke producerede nogle afkom, der kunne tage dens plads. Og da alle organismer også modtog SIP'er (energi) for længden på deres genom, ville organismen på et eller andet tidspunkt have sparet energi nok op til at formere sig.

Dette resulterer i åbenlyst absurde situationer, som at en organisme med en mutation, der mere end halverer dens evne til at udføre funktioner, ender med at blive forfader til den første organisme, der udviklede EQU:

---

"Tilstedeværelsen af skadelige mutationer i linjen af organismer er mere overraskende. ... to mutationer reducerede fitness med >50%. ... [En af disse] meget skadelige skridt var en punktmutation ... der eliminerede NAND, en af de simpleste logiske funktioner. Kun to individer havde denne dårligt tilpassede genotype, men alligevel var det deres efterkommere, der endte med at blive vinderne. Faktisk producerede denne genotype den mutation, der resulterede i EQU i den næste generation." (p. 141)

---

I virkelighedens verden er det tvivlsomt, at en så skadelig mutation ville få lov at eksistere længe nok til at en gavnlig mutation kunne rette op den.

Guds fred,
Andreas
Hjemmeside: http://www.geocities.com/evolutionsteori/

Café,

Torben skrev:

[...]

>An> er det klart at en masse menneskelig intelligens var nødvendigt for at nå det
>>ønskede resultat.

To>Insinuationer, insinuationer. Deres forsøgsopstiling er frit tilgængelig i artiklen som i
>alle andre artikler. ALLE forsøg involverer da selvfølgelig en masse menneskelig
>intelligens for at få forsøgsopstillingen til at ligne den rigtige verden.

Jeg har ikke noget problem med "at få forsøgsopstillingen til at ligne den rigtige verden." Jeg gjorde udtrykkeligt rede for, hvor det var der var tale om uretmæssig brug af intelligens, nemlig i konstruktionen af adskillige `trædesten', som darwinister ikke kan vide findes i "den rigtige verden."

>An>For eksempel havde forskerne sikret sig, at programmet ville finde den ønskede
>>funktion ved at indsætte en mængde `trædesten' med gradvist øgende fitness-
>>værdier, der ledte til den ønskede funktion:

To>Men de redegør for, hvorfor fitness-funktionerne har stigende værdi og det er
>objektivt og står enhver frit for at vurdere:
>
> "Belønningen for udregningsbedrift øges med 2^n, hvor n er det mindste antal
> operationer af 'nand'-typen nødvendig for at udføre den nævnte operation" (s. 140,
> Tekst til tabel, min oversættelse)

Ja, og jeg "vurdere[r]", at det ikke "er objektivt". At belønne en funktion efter det mindste antal NAND-instruktioner den kræver at udføre har intet biologisk sidestykke, og svarer til at bedømme et organs fitness efter hvor mange gange f.eks. aminosyren serin optræder i de simpleste proteiner nødvendige for at konstruere organet.

To>På samme måde kan man sige, at et komplekst immunforsvar er mere 'værd' end et
>simpelt, så det giver bedre overlevelsesværdi.

Problemet er, at "et komplekst immunforsvar" ikke nødvendigvis "er mere `værd' end et simpelt". F.eks. kan omkostningerne ved at vedligeholde det mere komplekse immunforsvar være så store, at det i sidste ende er det simple forsvarssystem, der er bedst. Jeg er netop blevet færdig med Goodwins "How the Leopard Changed Its Spots", hvori han beskriver, hvordan DNA-sekvenser, der får lov at udvikle sig frit i et glas, bliver kortere for hurtigere at kunne reproducere sig:

---

"The DNA of an organism is not self-replicating; it is not an independent `replicator'. The only way in which the DNA can be accurately and completely replicated is within the context of a dividing cell; that is to say, it is the cell that reproduces. In a classic experiment, Spiegelman in 1967 showed what happens to a molecular replicating system in a test-tube, without any cellular organization around it. The replicating molecules (the nucleic acid templates) require an energy source, building-blocks (i.e. nucleotide bases), and an enzyme to help the polymerization process that is involved in self-copying of the templates. Then away it goes, making more copies of the specific nucleotide sequences that define the initial templates. But the interesting result was that these initial templates did not stay the same; they were not accurately copied. They got shorter and shorter until they reached the minimal size compatible with the sequence retaining self-copying properties. And as they got shorter, the copying process went faster. So what happened was natural selection in a test-tube: the shorter templates that copied themselves faster become more numerous than the slower, while the larger ones were gradually eliminated. This looks like Darwinian evolution in a test-tube. But the interesting result was that this evolution went one way: towards greater simplicity. Actual evolution tends to go towards greater complexity, species becoming more elaborate in their structure and behaviour, though the process can also go in reverse, towards simplicity. But DNA on its own can go nowhere but towards greater simplicity." (Goodwin B., 1996, "How the Leopard Changed Its Spots: The Evolution of Complexity", Princeton University Press: Princeton NJ, pp. 35-6)

---

>An>Forfatterne indrømmer, at "kortene" er "arrangerede", men forsvarer det ved at
>>henvise til, at det er, "hvad evolutionsteorien kræver", og ellers fungerer programmet
>>ikke:
>>
>> "Nogle læsere vil måske foreslå, at vi `arrangerede kortene' ved at studere
>> udviklingen af en kompleks struktur, der kunne konstrueres udfra simplere
>> funktioner, der også var nyttige. Dette er det præcist hvad evolutionsteorien kræver,
>> og sandelig, vores eksperimenter viser, at den komplekse struktur aldrig udviklede
>> sig når simplere funktioner ikke blev belønnet." (Lenski R.E., Ofria C., Pennock R.T. &
>> Adami C., 2002, "The evolutionary origin of complex features", Nature 423:139-44, p.
>> 143)
>>
>>Dette lyder som et godt eksempel på det, som Dembski kaldte `front loading' af design
>>gennem fitness-funktionen (se signatur).

To>Jeg synes ikke du citerer dem loyalt. De skriver, at nogle ville mene kortene
>var arrangerede,

Ja, og dernæst forklarer de, hvorfor dette - i deres øjne - er ganske legalt. På intet tidspunkt benægter de at have `arrangeret kortene'.

To>men det er jo den hypotese, der skal testes: kan gradvis evolution skabe dette?
>Ja, det kan det, inden for reglerne af gradvis evolution. Hvad odiøst er det i dette?

Hvis evolutionsteorien "skal testes", må det gøres "inden for reglerne af", hvad naturen siger. Hvis man starter med at antage de ting, som er nødvendige for "gradvis evolution", blot fordi de er nødvendige, kan det ikke undre nogen, hvis resultatet er foreneligt med teorien.

To>De skriver ligeud, at naturlig selektion er nødvendig for at få det til at køre!

Nej, de skriver, at ovennævnte fitnessfunktion er nødvendig:

---

"... 50 populationer udviklede sig i et miljø hvor kun EQU blev belønnet, og ingen simplere funktion resulterede i energi. ... Sandelig, ingen af disse populationer udviklede EQU, hvilket var en stor forskel i forhold til den mængde, der gjorde det i beløn-alt miljøet ..." (Lenski R.E., Ofria C., Pennock R.T. & Adami C., 2002, "The evolutionary origin of complex features", Nature 423:139-44, p. 141, min fremhævelse. Min oversættelse)

---

Hvilket netop er min pointe. Darwinismen kræver mellemformer af gradvist stigende fitness, der leder hen til den ønskede struktur. Indtil vi ved, om disse findes i naturen, er det simpelthen urealistisk at programmere dem ind i en simulation, der skal forestilles at teste teorien.

AP>>Det er også interessant at bemærke, at en af forfatterne er Robert T. Pennock,
>>videnskabsfilosof og forfatter til den højst ID-kritiske bog "Tower of Babel". En anden
>>kunne let spekulere på hvilken rolle en videnskabsfilosof kunne spille i en artikel om
>>en computersimulation af kunstigt liv?

To>Alle ved jo også, at Behe og Dembski er højst evolutionskritiske, så hvis de kan
>publicere, hvor er så problemet her?

Idet "Behe og Dembski" begge skriver inden for de emner, som de er uddannede indenfor - biokemi og statistik, respektivt - rejser spørgsmålet sig slet ikke, hvilken rolle de kan spille inden for disse felter.

To>Pennock har måske hjulpet de andre til at imødegå Behes anker præcist.

I så fald er det ikke noget, de skilter med. Hverken Behes bog eller nogen af hans artikler er refereret til i litteraturlisten, og forfatterne selv påstår ikke direkte, at den endelige organisme er irreducérbar kompleks (hvilket den heller ikke er).

To>Behe klager jo over, at de spørgsmål, han rejser ikke er blevet besvaret
>(underforstået: fordi de ikke kan besvares). Når det så sker, så er det heller ikke godt
>nok eller hvad?

Behe (og jeg) ville ikke have nogen problemer, hvis hans "spørgsmål" virkelig blev "besvaret". Problemet er, at ingen af de ting, der indtil videre er blevet fremført - inklusiv Lenskis simulation - har formået at adressere de problemer, som Behe har gjort opmærksom på.

[...]

Guds fred,
Andreas
Hjemmeside: http://www.geocities.com/evolutionsteori/

Café,

Torben skrev:

To>Jeg forstår slet ikke dette svar. Det, du citerer fra mit indlæg Andreas, er noget jeg
>har sakset direkte fra dit.

Ja, og jeg lod disse citater forblive markerede "An>", for at vise, at de var fra mit eget indlæg. Det er gængs internet-praksis at citere ihvertfald de to sidste indlæg i tråden, så man kan se, i hvilken kontekst de forskellige kommentarer bliver fremsat i.

To>Dernæst svarer du på noget helt andet, noget, jeg allerede har berørt, nemlig
>værdien af de opståede egenskaber.

"[V]ærdien af de opståede egenskaber" var det, diskussionen drejede sig om til at begynde med:

---

http://jesusnet.dk/cafethomas/forum/showthreaded.php?&Board=tro&Number=21342 [...]

For eksempel havde forskerne sikret sig, at programmet ville finde den ønskede funktion ved at indsætte en mængde `trædesten' med gradvist øgende fitness-værdier, der ledte til den ønskede funktion: [...]

---

To>Disse egenskaber leder ikke direkte til hinanden (det ses ved det store antal
>måder, den bedste funktion, EQU, kan nåes på), og værdien af egenskaberne er tillagt
>direkte ud fra deres beregningsmæssige kompleksitet. Derfor synes jeg ikke din
>beskyldning om "trædesten" er rimelig.

Idet netop "trædesten" heller ikke "leder ... direkte til hinanden", mener jeg fortsat, at min sammenligning er fuldt ud korrekt. Hvad angår "beregningsmæssige kompleksitet", se mit svar til Torben.

To>Så vidt jeg kan se, forholder du dig ikke til mit citat fra dit indlæg:

>An>Forfatterne indrømmer, at "kortene" er "arrangerede", men forsvarer det ved at
>>henvise til, at det er, "hvad evolutionsteorien kræver", og ellers fungerer
>>programmet ikke:
>>
>> "Nogle læsere vil måske foreslå, at vi `arrangerede kortene' ved at studere
>> udviklingen af en kompleks struktur, der kunne konstrueres udfra simplere
>> funktioner, der også var nyttige. Dette er det præcist hvad evolutionsteorien kræver,
>> og sandelig, vores eksperimenter viser, at den komplekse struktur aldrig
>> udviklede sig når simplere funktioner ikke blev belønnet." (Lenski R.E.,
>> Ofria C., Pennock R.T. & Adami C., 2002, "The evolutionary origin of complex
>> features", Nature 423:139-44, p. 143)(min fremhævelse, Andreas' oversættelse)

To>Jeg mener, at det i dit indlæg fremgår som om de to passager med fed skrift skal
>forestille at være ækvivalente. Det mener jeg ikke de er.

Tager Torben affære med min beskrivelse af, at programmet ikke fungerede, når den særlige fitnessfunktion ikke var til stede? Indrømmet, dette var en lidt for hurtig formulering - naturligvis fungerer programmet, men det når ikke det ønskede resultat - men min pointe ødelægges vel ikke af, at det blev rettet til "ved at henvise til, at det er, `hvad evolutionsteorien kræver, og ellers udvikles den ønskede funktion ikke"?

[...]

To>Jeg beklager inderligt, hvis jeg fik antydet (på trods af, at jeg skrev "højst
>sandsynlig ubevidst"), at du skulle have gjort det med vilje.

Jeg mener bestemt ikke, at Torben har "antydet ..., at ... [jeg] skulle have gjort det med vilje." Tværtimod takkede jeg ham for at bruge udtrykket "ubevidst":

---

http://jesusnet.dk/cafethomas/forum/showthreaded.php?&Board=tro&Number=21358 [...]

Tak til Torben for i det mindste at holde den mulighed åben, at "fordrej[ningen]" har været "ubevidst", dvs. at den ikke blev begået med ond hensigt. [...]

---

[...]

To>God læselyst.

Tak til Torben for dette. Jeg er nu blevet færdig med artiklen, og har formuleret mine indsigelser i dette indlæg.

[...]

Guds fred,
Andreas
Hjemmeside: http://www.geocities.com/evolutionsteori/

Hej Café

Andreas skrev:
[...]
>>An>For eksempel havde forskerne sikret sig, at programmet ville finde den ønskede funktion ved at indsætte en mængde `trædesten' med gradvist øgende fitness-værdier, der ledte til den ønskede funktion: [...]

>To>Disse egenskaber leder ikke direkte til hinanden (det ses ved det store antal
>måder, den bedste funktion, EQU, kan nåes på), og værdien af egenskaberne er tillagt
>direkte ud fra deres beregningsmæssige kompleksitet. Derfor synes jeg ikke din
>beskyldning om "trædesten" er rimelig.

An>Idet netop "trædesten" heller ikke "leder ... direkte til hinanden", mener jeg fortsat, at min sammenligning er fuldt ud korrekt. Hvad angår "beregningsmæssige kompleksitet", se mit svar til Torben.

1. Tilsyneladende modsiger du dig selv idet du i øverste citat siger, at "en mængde 'trædesten' [...], der ledte til den ønskede funktion" og i det næste siger "Idet netop "trædesten" heller ikke "leder ... direkte til hinanden".
2. Kan du ikke forklare, hvordan det er, du mener, disse trædesten gør det lettere at nå den ønskede funktion?

[...]
An>Tager Torben affære med min beskrivelse af, at programmet ikke fungerede, når den særlige fitnessfunktion ikke var til stede?

Hvilken særlig fitness-funktion? Taler vi ikke om princippet bag naturlig selektion? At forskellige gen(instruktion)varianter belønnes forskelligt?


An>Indrømmet, dette var en lidt for hurtig formulering - naturligvis fungerer programmet, men det når ikke det ønskede resultat - men min pointe ødelægges vel ikke af, at det blev rettet til "ved at henvise til, at det er, `hvad evolutionsteorien kræver, og ellers udvikles den ønskede funktion ikke"?

Det bliver lidt bedre, men du lader stadig dine ord ved at kalde det for "den ønskede funktion".
Det er dog ikke min primære pointe, det er derimod, at forfatterne jo netop undersøger hypotesen om evolutionsteoriens mekanismer kan frembringe komplekse funktioner. At forsøgsbetingelserne lever op til "hvad evolutionsteorien kræver", er nødvendigt for at undersøge denne hypotese og ikke et forsøg på at arrangere kortene, som nogle læsere måske ville påstå. Det er denne forklaring, du tolker noget mistænkeligt ind i.

[...]

Mvh
Torben

Café,

Torben skrev:

[...]

>>>An>For eksempel havde forskerne sikret sig, at programmet ville finde den
>>>>ønskede funktion ved at indsætte en mængde `trædesten' med gradvist øgende
>>>fitness-værdier, der ledte til den ønskede funktion: [...]

>>To>Disse egenskaber leder ikke direkte til hinanden (det ses ved det store antal
>>>måder, den bedste funktion, EQU, kan nåes på), og værdien af egenskaberne er
>>>tillagt direkte ud fra deres beregningsmæssige kompleksitet. Derfor synes jeg ikke
>>>din beskyldning om "trædesten" er rimelig.

>An>Idet netop "trædesten" heller ikke "leder ... direkte til hinanden", mener jeg fortsat,
>>at min sammenligning er fuldt ud korrekt. Hvad angår "beregningsmæssige
>>kompleksitet", se mit svar til Torben.

To>1. Tilsyneladende modsiger du dig selv idet du i øverste citat siger, at "en
>mængde 'trædesten' [...], der ledte til den ønskede funktion" og i det næste siger "Idet
>netop "trædesten" heller ikke "leder ... direkte til hinanden".

Nøgleordet er "direkte". En række trædesten, der leder over en flod behøver heller ikke at udgøre én sammenhængende bro, men kan stadigvæk lede over på den anden side ved at tillade spring fra sten til sten.

To>2. Kan du ikke forklare, hvordan det er, du mener, disse trædesten gør det lettere
>at nå den ønskede funktion?

Påstår Torben, at trædestenene ikke "gør det lettere at nå den ønskede funktion"? Som jeg (og Torben selv!) tidligere har bemærket, udvikler EQU-funktionen sig ikke, når disse trædesten ikke er til stede:

---

"... 50 populationer udviklede sig i et miljø hvor kun EQU blev belønnet, og ingen simplere funktion resulterede i energi. ... Sandelig, ingen af disse populationer udviklede EQU, hvilket var en stor forskel i forhold til den mængde, der gjorde det i beløn-alt miljøet ..." (Lenski R.E., Ofria C., Pennock R.T. & Adami C., 2002, "The evolutionary origin of complex features", Nature 423:139-44, p. 141, min oversættelse)

---

[...]

>An>Tager Torben affære med min beskrivelse af, at programmet ikke fungerede, når
>>den særlige fitnessfunktion ikke var til stede?

To>Hvilken særlig fitness-funktion?

Den fitnessfunktion, som blev benyttet til at udregne belønningerne, som den enkelte organisme modtog for at udføre opgaver. Den er reproduceret i artiklen som tabel 1 på side 140, og jeg kopierede den også ind i mit første indlæg i denne tråd.

To>Taler vi ikke om princippet bag naturlig selektion? At forskellige gen(instruktion)
>varianter belønnes forskelligt?

Nej. Som jeg også forklarede i et tidligere indlæg, er min anke ikke, at "forskellige gen(instruktion)varianter belønnes forskelligt", men den måde, hvorpå programmørerne har valgt at belønne de forskellige opgaver.

Der er mange forskellige måder at belønne de forskellige opgaver på, og den valgte funktion er blot én af disse. Man kunne også have valgt at vende hele funktionen om, og belønne EQU-funktionen mindst og NOT- og NAND-funktionerne mest. Eller man kunne have fastsat belønningerne tilfældigt. Men disse funktioner ville højst sandsynligt ikke have resulteret i EQU-funktionen, hvilket nok var derfor man fravalgte dem.

Foruden dette har jeg ved min senere læsning af artiklen fundet ud af, at organismerne også modtager belønninger proportionelt med mængden af instruktioner i deres genom (se dette indlæg). Dette er stik modsat situationen i virkelighedens verden, hvor et længere genom kræver mere energi at kopiere og vedligeholde, og derfor kun vil blive belønnet i og med, at det rent faktisk gør organismen i stand til at klare flere opgaver.

>An>Indrømmet, dette var en lidt for hurtig formulering - naturligvis fungerer
>>programmet, men det når ikke det ønskede resultat - men min pointe ødelægges vel
>>ikke af, at det blev rettet til "ved at henvise til, at det er, `hvad evolutionsteorien
>>kræver, og ellers udvikles den ønskede funktion ikke"?

To>Det bliver lidt bedre, men du lader stadig dine ord ved at kalde det for "den ønskede
>funktion".

Nu er det Torben, der "svarer ... på noget helt andet"! Han har ikke tidligere anklaget mig for at "lade.." mine "ord". I øvrigt synes jeg det er ret tydeligt, at EQU-funktionen er den ønskede funktion, da den er den funktion, der resulterer i den højeste belønning på 32.

Desuden er det værd igen at minde cafégæsterne om, at EQU-funktionen ikke engang er IK, og at simulationen allerede dér ophører med at have relevans for udviklingen af IK.

To>Det er dog ikke min primære pointe, det er derimod, at forfatterne jo netop
>undersøger hypotesen om evolutionsteoriens mekanismer kan frembringe komplekse
>funktioner.

Og det er min pointe, at så længe man på forhånd antager de ting, som evolutionsteorien kræver, uden at vide, om det rent faktisk forholder sig sådan ude i naturen, kan man ikke sandfærdigt påstå at have "undersøg[t]" det.

To>At forsøgsbetingelserne lever op til "hvad evolutionsteorien kræver", er
>nødvendigt for at undersøge denne hypotese og ikke et forsøg på at arrangere
>kortene, som nogle læsere måske ville påstå.

Jeg må gentage mig selv: Hvis man starter med at antage de ting, der er nødvendige for at en teori fungerer, kan man ikke påstå at have en troværdig undersøgelse af, hvorvidt teorien virkelig fungerer.

Det svarer til at ville efterprøve alymiens påstande ved at lave en computermodel af atomerne i et stykke jern, hvor man lægger en regel ind i programmet, der siger, at hvert sekund bliver et af jernatomerne til guld, `for det er det, alkymien kræver'. Dette er sikkert meget interessant at sidde og se på, men det siger absolut intet om, hvorvidt alkymien virkelig fungerer.

[...]

Guds fred,
Andreas
Hjemmeside: http://www.geocities.com/evolutionsteori/

Hej Café

Andreas skrev:
An>Først og fremmest er det langtfra klart, at den opnåede funktion (EQU)
virkelig er IK. I sit første indlæg påstod Torben, at EQU opfyldte Behes
"`musefælde’-analogi..": "fjern én komponent, og systemet fungerer ikke."
Men forfatterne selv påstår på intet tidspunkt, at EQU er IK, og siger kun,
at "denne funktion" (EQU) forsvandt, hvis man slettede en instruktion:

----------------------------------------------------------------------------
----

"Genomet hos den første organisme, der udførte EQU, var på 60 instruktioner;
fjernede man en hvilken som helst blandt 35 instruktioner, ødelagde man
denne funktion." (Lenski R.E., Ofria C., Pennock R.T. & Adami C., 2002, "The
evolutionary origin of complex features", Nature 423:139-44, p. 141, min
fremhævelse. Dette og alle andre citater fra artiklen er oversat af mig)

----------------------------------------------------------------------------
----

Og hvis man kigger på figur 4 på side 142, er det klart, at langt
størstedelen af mutanterne er i stand til at udføre en eller anden funktion
og formere sig, hvis man sletter en af de 35 `nødvendige' instruktioner. Så
IK er langtfra "ude i tovene".


Sammenlign med Behes egen definition på IK:
"By irreducibly complex I mean a single system composed of several
well-matched, interacting parts that contribute to the basic function,
wherein the removal of any one of the parts causes the system to effectively
cease functioning. "
Så hvis systemet er udregningen af EQU-funktionen, og udgøres af 35 dele
(instruktioner), der bidrager til den grundlæggende funktion (EQU), og som
bryder sammen, når én instruktion fjernes, så er det for mig at se det samme
som IK, om artiklens forfattere nævner det eller ej. Bemærk, at Behe intet
skriver om andre systemer i organismen eller formering, det står for
Andreas' egen regning og er tilføjet Behes definition.


An>Desuden ser jeg en hel del aspekter ved simulationen, der ikke er
biologisk realistiske, og som `tipper vægtskålen' til fordel for
evolutionsteorien.

a) Mutationerne: I virkelighedens verden foregår mutationer på
nukleotide-niveau, dvs. de enkelte `trin' i `DNA-stigen'. Men i
AVIDA-simulationen er det enkelte instruktioner (der hver især består af
flere linjer i den underliggende sourcekode), der bliver indsat og flyttet
rundt. Det ville svare til, at en mutation frembragte et fuldt færdigt gen
på én gang. Dette er åbenlyst ikke biologisk realistisk.

Ups, det må da være en smutter? Sandt nok, at mange mutationer foregår på
nukleotid-niveau, men Andreas er næppe uvidende om de rearrangementer i stor
skala af kromosomerne, der hele tiden finder sted? For ikke at tale om
gen-duplikationer, plasmid-udvekslinger blandt bakterier oma.? Så --
computersimuleringen forenkler blot virkeligheden, den tilføjer ikke noget.
Desuden, eftersom én aminosyre i et protein ikke svarer til ét bogstav
(eller bit/byte) i en programlinie (alene af den årsag, at ikke alle
aminosyrer i proteiner er nødvendige for funktion, mens alle bogstaver i
koden er det), er det ikke muligt at lave en ordentlig simulering af denne
funktion, og således burde Andreas' anke vel gå mere på begrænsningerne af
computersimuleringerne end på vægtskåle, der skulle være tippet?


An>b) Fitness-funktionen, eller de belønninger, som organismerne får: En
organisme har brug for små stykker enrgi, kaldet SIP'er, for at formere sig.
Jeg har allerede gjort opmærksom på, at de forskellige funktioner, der leder
til EQU, resulterer i gradvist stigende energibelønninger, dermed fungerende
som en række `trædesten' til funktionen.

Ja, du har ganske vist tidligere sagt dette, men du har ikke forklaret, hvad
du mener hermed. Jeg har spurgt før og gør det igen: hvordan leder
funktionerne til EQU, blot fordi de bliver belønnet med energi? Den eneste forklaring, jeg har fundet er flg.

An>For eksempel havde forskerne sikret sig, at programmet ville finde den ønskede funktion ved at indsætte en mængde `trædesten' med gradvist øgende fitness-værdier, der ledte til den ønskede funktion: (herfra ) og
An>Påstår Torben, at trædestenene ikke "gør det lettere at nå den ønskede funktion"? Som jeg (og Torben selv!) tidligere har bemærket, udvikler EQU-funktionen sig ikke, når disse trædesten ikke er til stede: (herfra)

Du kan da ikke mene, at fordi funktionerne er nødvendige for udviklingen af EQU, er det snyd og trædesten?!? Replikation er på samme måde nødvendigt, er det også snyd at inkludere den? De andre funktioner peger ikke i retning af EQU,det kan ses af den mængde af forskellige måder, EQU kan kombineres frem på.


An>Derudover har forskerne valgt at belønne organismer med lange genomer,
uanset hvilke funktioner de er i stand til at udføre: "... hver organisme
modtager SIP'er i proportion til dens genomlængde." (p. 140) Dette sikrer,
at organismer vil udvikle længere genomer, der er nødvendige for at de
senere kan udføre EQU-funktionen.

Men i virkelighedens verden er det lige omvendt: Et længere genom kræver
mere energi at kopiere og vedligeholde, og hvis det ikke øger organismens
evner, vil det ikke blive belønnet - snarere tværtimod.

Her må jeg give Andreas lidt ret. Dog med et par forbehold:
For det første gælder det kun for meget simple organismer, at de primært
konkurrerer på energi i forbindelse med genomkopiering og -vedligeholdelse.
Godt nok er disse organismer i simuleringen meget simple, men man kan
argumentere for, at de bruges til at simulere mere komplekse
organismer, der ikke er underlagt disse krav.
For det andet afhænger den mest favorable genom-længde for simple organismer
ifølge Adami et al. også af informationsmængden af det fitness-landskab,
organismerne udsættes for.

---

I populationer af sådanne sekvenser, der tilpasser sig deres verden (indeni en computers hukommelse), leder støjfyldt selv-replikation koblet med endelige ressourcer og et informationsrigt miljø til en vækst i sekvenslængde idet de digitale organismer inkorporerer mere og mere information om deres miljø i deres genom. Evolution i et informationsfattigt landskab derimod, leder til selektion for replikation alene, og en svindende genomstørrelse som i forsøgene af Spiegelman og medarbejdere.
C. Adami et al, Proc Nat Acad Sci, 97 (9), 4463-4468, 25. april, 2000

---

Af disse to grunde mener jeg kun Andreas har delvist ret i sin kritik.
Muligvis har forfatterne til artiklen simplificeret problemstillingen, men
ikke til en biologisk irrelevant position.


An>c) Den naturlige udvælgelse: I virkelighedens verden må enhver
organisme kæmpe for overhovedet at overleve længe nok til at kunne formere
sig. En dårligt tilpasset organisme vil hurtigt bukke under, uanset hvor
godt eller dårligt resten af flokken er tilpasset. Men sådan er det ikke i
AVIDA-simulationen. Hér kan man kun `dø', hvis en af ens `naboers' afkom
overtager ens plads:

----------------------------------------------------------------------------
----

"Når en organisme kopierede sit genom og formerede sig, blev det
resulterende afkom tilfældigt placeret i en af de otte tilstødende celler
eller i dets forældrers celle. Hver fødsel resulterede i døden for det
individ, der blev afløst, hvilket holdt populationsstørrelsen konstant." (p.
143)

----------------------------------------------------------------------------
----

Så selv hvis en organisme ikke var i stand til at udføre nogen funktioner
(udover at reproducere sig selv, hvilket de alle havde fået evnen til ved
designernes programmering), ville den kunne overleve, hvis blot dens naboer
ikke producerede nogle afkom, der kunne tage dens plads. Og da alle
organismer også modtog SIP'er (energi) for længden på deres genom, ville
organismen på et eller andet tidspunkt have sparet energi nok op til at
formere sig.

Nu handler simuleringen jo om, hvorvidt allerede etablerede organismer kan
udvikle komplekse funktioner. I det lys har jeg svært ved at se problemet
med, at organismerne reproducerer sig selv. Når populationsstørrelsen skal
holdes konstant kan det kun ske ved at fjerne én organisme for hver, man
tilføjer. Anderledes kan det vist ikke være.


An>Dette resulterer i åbenlyst absurde situationer, som at en organisme
med en mutation, der mere end halverer dens evne til at udføre funktioner,
ender med at blive forfader til den første organisme, der udviklede EQU:

Dette er vel kun åbenlyst absurd, hvis man forventer al evolution
retningsbestemt, fra simpelt til komplekst. Sådan er verden ikke indrettet.
Pointen er jo netop, at EQU er så meget værd energimæssigt set, at det mere
end kompenserer for tabet af de andre funktioner. Det er fuldstændigt
analogt til kemisk reaktionskinetik, hvor en meget favorabel reaktion kan
trække en foregående, ufavorabel reaktion videre. Kinetikken er den samme.


An>I virkelighedens verden er det tvivlsomt, at en så skadelig mutation
ville få lov at eksistere længe nok til at en gavnlig mutation kunne rette
op den.

Ja, det er jo dit (ID's generelt) postulat. Det har man forsøgt at
eftervise med denne simulering, og på de præmisser, som den er udført har du
ikke ret.

Mvh
Torben

Hej Café

>To>Men de redegør for, hvorfor fitness-funktionerne har stigende værdi og det er
>objektivt og står enhver frit for at vurdere:
>
> "Belønningen for udregningsbedrift øges med 2^n, hvor n er det mindste antal
> operationer af 'nand'-typen nødvendig for at udføre den nævnte operation" (s. 140,
> Tekst til tabel, min oversættelse)

An>Ja, og jeg "vurdere[r]", at det ikke "er objektivt". At belønne en funktion efter det mindste antal NAND-instruktioner den kræver at udføre har intet biologisk sidestykke, og svarer til at bedømme et organs fitness efter hvor mange gange f.eks. aminosyren serin optræder i de simpleste proteiner nødvendige for at konstruere organet.

At lade computerprogrammer udvikle regnefunktioner og belønne dem for det er en simulering. Man kan jo ikke simulere alle atomer i cellen i computeren. Når man har besluttet at belønne regnefunktioner, er det naturligt at lade de mest komplekse, der giver mest/kræver mest, størst belønning. Det er det, der er gjort. Det har intet med serin at gøre, det har noget at gøre med, hvor mange funkjtioner af NAND-typen, der skal til, hvis programmørerne selv skulle skrive koden. Det er ikke så biologisk relevant, som det måske kunne være, hvis man havde uendeligt med computer-kraft, men det er de begrænsninger, der gives.


>To>På samme måde kan man sige, at et komplekst immunforsvar er mere 'værd' end et
>simpelt, så det giver bedre overlevelsesværdi.

An>Problemet er, at "et komplekst immunforsvar" ikke nødvendigvis "er mere `værd' end et simpelt".

Men det er det her. I simuleringen.


>To>Jeg synes ikke du citerer dem loyalt. De skriver, at nogle ville mene kortene
>var arrangerede,

An>Ja, og dernæst forklarer de, hvorfor dette - i deres øjne - er ganske legalt. På intet tidspunkt benægter de at have `arrangeret kortene'.

Det er underforstået, din flueknepper.


>To>men det er jo den hypotese, der skal testes: kan gradvis evolution skabe dette?
>Ja, det kan det, inden for reglerne af gradvis evolution. Hvad odiøst er det i dette?

An>Hvis evolutionsteorien "skal testes", må det gøres "inden for reglerne af", hvad naturen siger. Hvis man starter med at antage de ting, som er nødvendige for "gradvis evolution", blot fordi de er nødvendige, kan det ikke undre nogen, hvis resultatet er foreneligt med teorien.

Nå, men kan du høre, "hvad naturen siger"? Det kan jeg ikke. Man kan ikke teste natruren, man kan teste en hypotese eller en teori om naturen, og se om hypotesens forudsigelser stemmer overens med empiriske data. Når Behe et al. siger, at evolutionsteorien ikke kan forklare IK, så er det legitimt at undersøge den påstand. Ingen påstår vel, at naturen ikke kan forklare de ting, vi ser i naturen (om de så er IK eller RK).


>To>De skriver ligeud, at naturlig selektion er nødvendig for at få det til at køre!

An>Nej, de skriver, at ovennævnte fitnessfunktion er nødvendig:

"... 50 populationer udviklede sig i et miljø hvor kun EQU blev belønnet, og ingen simplere funktion resulterede i energi. ... Sandelig, ingen af disse populationer udviklede EQU, hvilket var en stor forskel i forhold til den mængde, der gjorde det i beløn-alt miljøet ..."

Der står intet om den specifikke fitnessfunktion, der står noget om belønning generelt.


An>Hvilket netop er min pointe. Darwinismen kræver mellemformer af gradvist stigende fitness, der leder hen til den ønskede struktur. Indtil vi ved, om disse findes i naturen, er det simpelthen urealistisk at programmere dem ind i en simulation, der skal forestilles at teste teorien.

1. Dette studie demonstrerer, at evolutionsteorien ikke kræver mellemformer af gradvist stigende fitness.
2. Du skriver det selv: "en simulation, der skal forestilles at teste teorien" (min fremhævelse, To). Når teorien så er testet, kan man undersøge, hvor godt den forudsiger og forklarer naturen, og på den baggrund beslutte sig for, om teorien er god nok eller ej.

Resten har jeg ingen kommentarer til andet end at Andreas' grad af mistænkeliggørelse af denne artikel er underlig taget i betragtning, at den ifølge ham selv end ikke angår IK.

Jeg vil godt pointere, at dette studie selvfølgelig vil fejle delvist på den biologiske relevans. Det er imidlertid ligemeget. Studiet undersøger, om naturlig selektion som forudsagt af evolutionsteorien kan frembringe tilsyneladende irreducibelt komplekse systemer eller ej. Betingelserne for evolution er opfyldt:
Nedarvning med modifikation og forskellig overlevelsesværdi af forskellige varianter. Svaret er ja. Så evolutions mekanismer som sådan kan godt forklare det. Så må man undersøge, om der er ting i simuleringen, der adskiller sig så meget fra biologien, af den er irrelevant for denne, det er en anden sag. Artiklens konklusion kan der ikke rokkes ved; det er to forskellige ting.


-Z

Café,

Torben skrev:

[...]

>An>Først og fremmest er det langtfra klart, at den opnåede funktion (EQU) virkelig er
>>IK. [...] Og hvis man kigger på figur 4 på side 142, er det klart, at langt
>>størstedelen af mutanterne er i stand til at udføre en eller anden funktion og formere
>>sig, hvis man sletter en af de 35 `nødvendige' instruktioner. Så IK er langtfra "ude i
>>tovene".

To>Sammenlign med Behes egen definition på IK:
>"By irreducibly complex I mean a single system composed of several well-matched,
>interacting parts that contribute to the basic function, wherein the removal of any one
>of the parts causes the system to effectively cease functioning. "
>Så hvis systemet er udregningen af EQU-funktionen, og udgøres af 35 dele
>(instruktioner), der bidrager til den grundlæggende funktion (EQU), og som bryder
>sammen, når én instruktion fjernes, så er det for mig at se det samme som IK, om
>artiklens forfattere nævner det eller ej.

"[U]dregningen af EQU-funktionen" er ikke et system, men en funktion - de 35 instruktioner, der gør den i stand til at udføre denne funktion, er systemet. Uanset hvilken instruks man fjerner, vil størstedelen af de andre kunne bruges til at udføre andre funktioner. Til forskel fra rigtige IK-systemer som den bakterielle flagel, hvor det at fjerne motoren ikke betyder, at svingtråden og vedhæfteren nu er frie til at udføre andre opgaver, men tværtimod gør dem til ubrugelige vedhæng.

To>Bemærk, at Behe intet skriver om andre systemer i organismen eller formering, det
>står for Andreas' egen regning og er tilføjet Behes definition.

Torben har fået systemer rodet sammen med funktioner - se ovenfor.

[...]

An>>a) Mutationerne: I virkelighedens verden foregår mutationer på nukleotide-
>>niveau, dvs. de enkelte `trin' i `DNA-stigen'. Men i AVIDA-simulationen er det enkelte
>>instruktioner (der hver især består af flere linjer i den underliggende sourcekode),
>>der bliver indsat og flyttet rundt.

[...]

To>Ups, det må da være en smutter? Sandt nok, at mange mutationer foregår på
>nukleotid-niveau, men Andreas er næppe uvidende om de rearrangementer i stor
>skala af kromosomerne, der hele tiden finder sted?

Nej, jeg er ikke "uvidende om" dette. Men, som Torben utvivlsomt ved, og som også antydes af navnet, involverer "rearrangementer" ikke skabelsen af noget nyt, men er blot rearrangeringen af allerede-eksisterende gensekvenser. Og de foregår også på nukleotide-niveau, forstået på den måde, at de ikke tager hensyn til, om de finder sted midt i et gen.

To>For ikke at tale om gen-duplikationer, plasmid-udvekslinger blandt bakterier oma.?

Som også navnene på disse antyder, er der tale om "duplikationer" og "udvekslinger" af allerede-eksisterende gener, ikke oprindelsen af hele gener de novo, som er tilfældet i AVIDA-simulationen.

[...]

To>Desuden, eftersom én aminosyre i et protein ikke svarer til ét bogstav (eller
>bit/byte) i en programlinie (alene af den årsag, at ikke alle aminosyrer i proteiner er
>nødvendige for funktion, mens alle bogstaver i koden er det), er det ikke muligt at lave
>en ordentlig simulering af denne funktion, og således burde Andreas' anke vel gå mere
>på begrænsningerne af computersimuleringerne end på vægtskåle, der skulle være
>tippet?

For det første er det irrelevant, at "ikke alle aminosyrer i proteiner er nødvendige for funktion". For hver to bogstaver i koden kunne man have indsat et bogstav uden betydning, som programmet skulle ignorere.

For det andet, selv hvis man ikke kunne simulere omstændighederne helt nøjagtigt, er der stadig tale om at tippe vægtskålene, hvis man benytter den tilnærmelse, der er mest gavnlig for det ønskede udfald. Desuden er forskellen på virkeligheden og simulationen meget større, end den ville have været, hvis man havde behandlet enkelte bogstaver som nukleotider. Det svarer til at runde 4,2 op til 5 (i stedet for ned til 4), fordi man skulle bruge et helt tal.

>An>b) Fitness-funktionen, eller de belønninger, som organismerne får: En organisme
>>har brug for små stykker enrgi, kaldet SIP'er, for at formere sig. Jeg har allerede gjort
>>opmærksom på, at de forskellige funktioner, der leder til EQU, resulterer i gradvist
>>stigende energibelønninger, dermed fungerende som en række `trædesten' til
>>funktionen.

To>Ja, du har ganske vist tidligere sagt dette, men du har ikke forklaret, hvad du mener
>hermed.

Jo, jeg har skam forklaret det - det er Torben, der ikke lader til at forstå forskellen på eksistensen af naturlig udvælgelse og den særlige fitnessfunktion, som denne fungerer efter. Jeg har forsøgt at forklare dette, så godt jeg kan, og hvis Torben stadig ikke forstår det, er jeg bange for, at vi må være enige om at være uenige på dette punkt.

To>Jeg har spurgt før og gør det igen: hvordan lederfunktionerne til EQU, blot fordi de
>bliver belønnet med energi?

Dette viser, at Torben enten ikke har forstået mit argument, eller at han ikke kan skelne mellem blot at "belønne.. med energi", og så at værdisætte belønningerne på den ganske særlige måde, som Lenski et al. gør. Som jeg har sagt før, er der mange forskellige måder at "belønne.. med energi", hvoraf Lenski et al., i deres egenskab af intelligente designere, valgte den måde, der med størst garanti ville lede til EQU.

To>Den eneste forklaring, jeg har fundet er flg.

>An>For eksempel havde forskerne sikret sig, at programmet ville finde den ønskede
>>funktion ved at indsætte en mængde `trædesten' med gradvist øgende fitness-
>>værdier, der ledte til den ønskede funktion: (herfra ) og

>An>Påstår Torben, at trædestenene ikke "gør det lettere at nå den ønskede funktion"?
>>Som jeg (og Torben selv!) tidligere har bemærket, udvikler EQU-funktionen sig ikke,
>>når disse trædesten ikke er til stede: (herfra)

I så fald må Torben have overset det, jeg skrev hér:

---

http://jesusnet.dk/cafethomas/forum/showthreaded.php?&Board=tro&Number=21535 [...]

Der er mange forskellige måder at belønne de forskellige opgaver på, og den valgte funktion er blot én af disse. Man kunne også have valgt at vende hele funktionen om, og belønne EQU-funktionen mindst og NOT- og NAND-funktionerne mest. Eller man kunne have fastsat belønningerne tilfældigt. Men disse funktioner ville højst sandsynligt ikke have resulteret i EQU-funktionen, hvilket nok var derfor man fravalgte dem. [...]

---

To>Du kan da ikke mene, at fordi funktionerne er nødvendige for udviklingen af EQU, er
>det snyd og trædesten?!? Replikation er på samme måde nødvendigt, er det også snyd
>at inkludere den?

Nej, fordi vi ved, at "[r]eplikation" foregår i naturen. Hvis darwinister også kunne vise, at det var forventeligt at finde sådanne `trædesten' i naturen, ville de være berettigede til at inkludere dem i deres simulation. Men man kan ikke bare antage dem, bare fordi man virkelig godt kunne tænke sig, at de var der.

To>De andre funktioner peger ikke i retning af EQU,det kan ses af den mængde af
>forskellige måder, EQU kan kombineres frem på.

At fitnessfunktionen ikke leder til en bestemt konstruktion af EQU-funktionen, betyder ikke, at den ikke leder til EQU-funktionen overhovedet. Lenski et al. indrømmer, at EQU-funktionen ikke opstår, hvis ikke de benytter den særlige fitnessfunktion:

---

"... 50 populationer udviklede sig i et miljø hvor kun EQU blev belønnet, og ingen simplere funktion resulterede i energi. ... Sandelig, ingen af disse populationer udviklede EQU, hvilket var en stor forskel i forhold til den mængde, der gjorde det i beløn-alt miljøet ..." (Lenski R.E., Ofria C., Pennock R.T. & Adami C., 2002, "The evolutionary origin of complex features", Nature 423:139-44, p. 141, min fremhævelse og oversættelse)

---

>An>Derudover har forskerne valgt at belønne organismer med lange genomer,
>>uanset hvilke funktioner de er i stand til at udføre: "... hver organisme modtager SIP'er
>>i proportion til dens genomlængde." (p. 140) Dette sikrer, at organismer vil udvikle
>>længere genomer, der er nødvendige for at de senere kan udføre EQU-funktionen.
>>
>>Men i virkelighedens verden er det lige omvendt: Et længere genom kræver mere
>>energi at kopiere og vedligeholde, og hvis det ikke øger organismens evner, vil det
>>ikke blive belønnet - snarere tværtimod.

To>Her må jeg give Andreas lidt ret.

Tak til Torben for dette.

To>Dog med et par forbehold: For det første gælder det kun for meget simple
>organismer, at de primært konkurrerer på energi i forbindelse med genomkopiering og
>-vedligeholdelse. Godt nok er disse organismer i simuleringen meget simple, men man
>kan argumentere for, at de bruges til at simulere mere komplekse organismer, der ikke
>er underlagt disse krav.

Problemet er, at "meget simple organismer" ifølge darwinismen må være kommet før "mere komplekse organismer". Og mange af de IK-systemer, hvis oprindelse programmet skal forestille at simulere, er netop opstået hos simple organismer, som f.eks. den bakterielle flagel.

Desuden, at længere DNA hos nogle organismer er neutralt, retfærdiggør ikke, at man i simulationen gør det positivt.

To>For det andet afhænger den mest favorable genom-længde for simple organismer
>ifølge Adami et al. også af informationsmængden af det fitness-landskab,
>organismerne udsættes for.
>
> I populationer af sådanne sekvenser, der tilpasser sig deres verden (indeni en
> computers hukommelse), leder støjfyldt selv-replikation koblet med endelige
> ressourcer og et informationsrigt miljø til en vækst i sekvenslængde idet de digitale
> organismer inkorporerer mere og mere information om deres miljø i deres genom.
> Evolution i et informationsfattigt landskab derimod, leder til selektion for replikation
> alene, og en svindende genomstørrelse som i forsøgene af Spiegelman og
> medarbejdere.
> C. Adami et al, Proc Nat Acad Sci, 97 (9), 4463-4468, 25. april, 2000

Dette er angiveligt et citat fra Adami, Ofria og Colliers artikel "Evolution of biological complexity" (der også er frit tilgængelig som PDF hér), om deres resultater med en lignende computersimulation.

Ovenstående citat kunne tyde på, at Adami et al. har observeret "en vækst i sekvenslængde idet de digitale organismer inkorporerer mere og mere information". Men dette er ikke tilfældet, da de har valgt at lade sekvenslængden være konstant: "I dette eksperiment har vi valgt at lade sekvenserne have en fast længde på 100 instruktioner ..." (p. 4467, min oversættelse). Jeg kan dog godt forstå, at Torben er blevet vildledt, da påstanden om de voksende sekvenslængder er givet en prominent plads på første side i artiklen, mens den noget mere nøgterne erkendelse er gemt af vejen i afsnittet om metoder. Jeg må indrømme, at jeg finder forfatternes praksis noget mistænkelig.

Desuden er Adami et al.'s argument angiveligt, at et øget genom bliver belønnet i kraft af dets gavnlige indvirken på organismens overlevelse. Men dette træk er allerede blevet inkluderet af Lenski et al. en gang, idet deres simulation belønner organismer for at kunne udføre flere funktioner. Lenski et al. begået det videnskabelige ækvivalent af et `double dip'. *

* Dette er en reference til komedieserien Seinfeld, i hvilken figuren George på et tidspunkt dypper sin chip i dippen, tager en bid, og dypper den igen. Hans venner forfærdes over dette sociale fejltrin, og kalder ham for en `double-dipper'.

[...]

>An>c) Den naturlige udvælgelse: I virkelighedens verden må enhver organisme
>>kæmpe for overhovedet at overleve længe nok til at kunne formere sig. En dårligt
>>tilpasset organisme vil hurtigt bukke under, uanset hvor godt eller dårligt resten af
>>flokken er tilpasset. Men sådan er det ikke i AVIDA-simulationen. Hér kan man kun
>>`dø', hvis en af ens `naboers' afkom overtager ens plads:

[...]

An>>Så selv hvis en organisme ikke var i stand til at udføre nogen funktioner (udover
>>at reproducere sig selv, hvilket de alle havde fået evnen til ved designernes
>>programmering), ville den kunne overleve, hvis blot dens naboer ikke producerede
>>nogle afkom, der kunne tage dens plads. Og da alle organismer også modtog SIP'er
>>(energi) for længden på deres genom, ville organismen på et eller andet tidspunkt
>>have sparet energi nok op til at formere sig.

To>Nu handler simuleringen jo om, hvorvidt allerede etablerede organismer kan udvikle
>komplekse funktioner. I det lys har jeg svært ved at se problemet med, at
>organismerne reproducerer sig selv.

Jeg har ikke sagt, at jeg har nogen problemer med, at "organismerne reproducerer sig selv." Som min `sektionsoverskrift' også antyder, går min kritik på programørernes simulering af "Den naturlige udvælgelse".

To>Når populationsstørrelsen skal holdes konstant kan det kun ske ved at fjerne én
>organisme for hver, man tilføjer. Anderledes kan det vist ikke være.

Det er "[a]nderledes" i naturens verden, hvor en dårlig tilpasset organismes overlevelse ikke nødvendigvis har noget at gøre med, om "populationsstørrelsen skal holdes konstant". Hvis der bliver født en tohovedet kalv, vil den ikke overleve længe, uanset hvor stor populationsstørrelsen er. I AVIDA-simulationen vil en organisme, der på nær reproduktion ikke er i stand til at udføre en eneste funktion, alligevel overleve, hvis blot dens `naboer' er lige så dårlige. Ydermere vil der indimellem komme en flink `bondemand' og tildele de funktionsløse organismer energi, blot fordi de har nogle lange genomer. Dette har heller ikke nogen biologisk parallel, og er dermed urealistisk.

>An>Dette resulterer i åbenlyst absurde situationer, som at en organisme med en
>>mutation, der mere end halverer dens evne til at udføre funktioner, ender med at blive
>>forfader til den første organisme, der udviklede EQU:

To>Dette er vel kun åbenlyst absurd, hvis man forventer al evolution retningsbestemt,
>fra simpelt til komplekst.

Torben misforstår mig. Min klage er ikke, at "evolution[en]" går fra "komplekst" til "simpelt", men at det ikke er realistisk, at en organisme, hvis evne til at udføre vitale opgaver er blevet forringet med hele 50% vil overleve længe nok til at en gavnlig mutation dukker op og hjælper den. En musvåge, der kun er i stand til at fange den halve mængde mad, vil næppe have nok til at holde sig i live særlig længe - for slet ikke at tale om at brødføde sine unger.

[...]

To>Pointen er jo netop, at EQU er så meget værd energimæssigt set, at det mere end
>kompenserer for tabet af de andre funktioner. Det er fuldstændigt analogt til kemisk
>reaktionskinetik, hvor en meget favorabel reaktion kan trække en foregående,
>ufavorabel reaktion videre. Kinetikken er den samme.

Jeg er ikke helt sikker, hvad "foregående" betyder i denne kontekst. Måske Torben mener "forudgående"? I så fald kunne jeg godt tænke mig at høre om en reaktion, hvor en "ufavorabel reaktion" er forløbet med hjælp fra en efterfølgende "favorabel reaktion". Som jeg husker min gymnasielærdom om kemi, er der en mængde reaktioner, hvor der ikke er energi nok til, at de kan forløbe, også selvom den endelige tilstand vil udløse mere energi, end det ville kræve at sætte reaktionen igang.

Det er det samme med darwinistisk udvikling. Den naturlige udvælgelse kan ikke `skåne' en organisme med en ufordelagtig mutation, blot fordi der engang i fremtiden kan komme en anden mutation, der "kompenserer for tabet". Sådan forudseenhed er forbeholdt intelligente designere.

>An>I virkelighedens verden er det tvivlsomt, at en så skadelig mutation ville få lov at
>>eksistere længe nok til at en gavnlig mutation kunne rette op den.

To>Ja, det er jo dit (ID's generelt) postulat.

Mener Torben at det er et specifikt "ID"-"postulat", at "en så skadelig mutation ville få lov at eksistere længe nok"? I så fald, måske han kunne citere det IDistiske materiale, hvor han har dette fra?

Jeg selv kender ikke til, at et sådant postulat skulle være specifikt ID-relateret - jeg udtalte mig på baggrund af, hvad jeg generelt ved om mutationer og overlevelseschancer i naturen. Jeg kender ikke til nogen feltundersøgelser, der viser, at så skadelige mutationer kan fastholdes i populationer særlig længe.

To>Det har man forsøgt at eftervise med denne simulering, og på de præmisser, som
>den er udført har du ikke ret.

Problemet er, at det netop er "præmisser[nes]" gyldighed, som jeg stiller spørgsmålstegn ved. Når jeg gør opmærksom på, at "præmisser[ne]" er urealistiske, og at de leder til åbenlyst absurde resultater, kan det ikke nytte at gøre opmærksom på, at disse resultater skam er i overenstemmelse med præmisserne.

[...]

Jeg føler, at denne diskussion er begyndt at gå i cirkler, og medmindre Torben rejser nogle nye pointer, bliver dette højst sandsynligt mit sidste indlæg.

Guds fred,
Andreas
Hjemmeside: http://www.geocities.com/evolutionsteori/

Café,

Istedet for at besvare dette indlæg vil jeg henvise til mine indlæg her og her, hvor jeg har besvaret de vigtigste pointer.

Guds fred,
Andreas
Hjemmeside: http://www.geocities.com/evolutionsteori/