De viser ikke nogle forstadier men kommer med gæt på at der kan have været forstadier. Artiklen står ikke under de to normale kategorier articles eller letters men under det meget sigende navn hypothesis, altså et (måske kvalificeret) gæt, men uden data at begrunde det med.

Hvis vi kort tid antager at forfatterne havde ret i at ribosomet fandtes i den mest simple form uden påhæftede proteiner til at stabilisere strukturen består ribosomet stadig af ca 6500 nukleobaser for prokaryoters vedkommende og 4500 baser for eukaryoters vedkommende - ganske store - faktisk enorme syntesemaskiner. Til at fremstille ribosomet benytter cellen sig af ca 200 enzymer. Disse enzymer dannes af.... ribosomet! Men hvad så før ribosomet var dannet?
Hvis ribosomet pludselig tilfældigvis opstod skulle det foldes i den rette konfiguration - her hjælper flere enzymer - men de findes ikke endnu idet ribosomet ikke har produceret enzymer endnu. Hvis ribosomet tilfældigvis var opstået af nukleobaser og havde foldet sig selv i den rigtig konfiguration ville den ikke kunne producere et eneste protein hvis ikke der var tRNA tilstede som er byggeklodserne til proteinet. (tRNA = kort stykke RNA koblet til en aminosyre)

Som det nok skinner igennem finder jeg ovennævnte scenarie uhyre usandsynligt.




For at dette skal være korrekt skal der altså nogenlunde samtidigt være udviklet følgende dele:(for hvis ikke alle dele er klar har cellen ingen fordel af den)

A: ribosomet
B: ribozym (RNA molekyle som fungerer som enzym, vi antager jo at der stadig ikke findes proteiner) til fremstilling af hvert af de mellem tyve og 56 (=4*4*4) tRNA komplekser.
Nogle vil indvende at der nok ikke var 20 aminosyrer, men det giver blot problemer senere når hele den genetiske kode skal laves om fordi der skal laves plads til flere aminosyrer. F.eks hvis man i starten kun brugte 2 baser til at kode for en aminosyre. Da man senere skulle udvide til mere en 15 aminosyrer (4x4 -1 stopkode) ville hele koden blive junk idet der nu gik 3 baser til en aminosyre.
C: mekanisme til at fremstille enantio-rene aminosyrer. Enantioselektiv syntese kræver at man har et chiralt udgangspunkt. Chiralitet er aldrig opstået af sig selv - rigtig mange har forsøgt med stråling, magnetisme osv. Stadig uden held.

Nature artiklen minder i formål om andre lignende forskningaktiviteter, nemlig at finde den mest simple form af en given biologisk enhed (En irreducibel kompleks enhed - selv om forskerne ikke selv ville bruge dette navn) I dette tilfælde ribosomet.

I andre tilfælde ledes efter: mest simple virus (>10 år gammel forsking)

Mest simple bakterie undersøges af Craig Venter og kollegaer. J. Craig Venter Institue
De har startet med en bakterie (Mycoplasma genitalium) med et genom på ca 450 gener indeholdende 582.970 baser og systematisk splejset varianter hvor forskellige gener var sat ud af kraft og dermed ikke blev udtrykt. Efter godt 2000 forsøg nåede man frem til at 100 af de 450 gener kunne undværes og bakterien stadig beholde de mest livsnødvendige funktioner. Det giver en irreducibel kompleks bakterie med en genetisk kode på minimum 400.000 baser!!!!

Sætter lidt i relief hvor komplekst livet er.
I mange tilfælde vil en enkelt fejl i den 400.000 baser lange sekvens være dødbringende i andre tilfælde blot svække bakterien.

Hvor denne "simple" bakterie med en "opskrift" på 400.000 nukleobaser skulle stamme fra er et godt spørgsmål.

Artiklen bygger på analyse af den store underenhed, 50S-delen, af E.coli's ribosom, så den er i høj grad baseret på data. Men det er korrekt, at jeg burde have skrevet "viser en mulig udviklingsvej" og "mulige forstadier". Imidlertid er AL forskning jo baseret på opstilling af hypoteser. Det der gør, at denne artikel får sit eget forum "Hypothesis", er, at det er en så afgørende hypotese.


I resten af dit indlæg blander du tingene sammen. Forudsætningen er, at det første liv ikke kendte til proteiner, men klarede sig ved hjælp af RNA-enzymer, ribozymer, og derfor har forskerne i Nature-artiklen undersøgt muligheden for eksistensen af et protoribosom, der kun bestod af RNA. Og som derfor også må være dannet af ribozymer.

De finder jo netop frem til et ribosomforstadie (muligt!), et protoribosom, hvis største RNA-stykke er meget MINDRE end den nuværende 23S-enhed på 2900 nucleotider, og dette protoribosom var FRI for protein.

Derfor skal der ikke trækkes tRNA eller aminosyrer ind i diskussionen.


Grunden til, at de ikke skriver, at de leder efter den mindste irreducible størrelse er nok helt enkelt, at de ikke leder efter en sådan genstand. Det er jo en selvmodsigelse al den stund, teorien går på, at livet udviklede sig som en uomgængelig konsekvens af de fysiske og kemiske forhold på jorden.

Der var relativt komplekst cellebaseret liv på jorden for 3.8 mia år siden, men forstadierne var selvfølgelig simplere: Det første "liv" var sandsynligvis ikke cellebaseret, men en slags symbiose mellem mange forskellige syntesemaskiner, der til sidst blev omsluttet af en membran.

Og så begår du en typisk kreationistisk fejlslutning i din analyse af den syntetiske Mycoplasma: Du antager, at udviklingen af en bakterie foregår vertikalt fra noget simpelt til noget mere komplekst, og at den nu kendte Mycoplasma derfor er udviklet af en simplere Mycoplasma. det behøver ingenlunde at være tilfældet: Mycoplasma kan udmærket være reducerede mere komplekse bakterier. Derfor er det ikke en "irreducibelt kompleks" (i ID-forstand) Mycoplasma, de vil fremstille, men den simplest mulige.


De primitive bakterier har haft et helt andet "indre" end de nulevende bakterier, der er højt udviklede organismer i den forstand, at de er blevet forfinede og optimerede igennem milliarder af år.

Derudover ser du bort fra horisontal udveksling af gen- og cellemateriale.

mvh
LarsBj

L: - I næstsidste nummer af Nature er der en artikel, der viser nogle af forstadierne til ribosomerne, og de var mindre, enklere og kunne mindre end de moderne ribosomer.
M: - De viser ikke nogle forstadier men kommer med gæt på at der kan have været forstadier.

Det er en meget almindelig argumentationsform, at man "viser" et eller andet. Ved nærmere eftersyn drejer det sig som regel om såkaldte koncept- eller modelforklaringer. Det, man viser, er andre ord ensbetydende med gætværk.

Med venlig hilsen
hoeg

Hvad i al verden mener du med det?
Har du læst artiklen?
Har du forstået, hvad den siger?

mvh
LarsBj

Hej Lars

Lars BJ:
"I resten af dit indlæg blander du tingene sammen. Forudsætningen er, at det første liv ikke kendte til proteiner, men klarede sig ved hjælp af RNA-enzymer, ribozymer, og derfor har forskerne i Nature-artiklen undersøgt muligheden for eksistensen af et protoribosom, der kun bestod af RNA. Og som derfor også må være dannet af ribozymer.

De finder jo netop frem til et ribosomforstadie (muligt!), et protoribosom, hvis største RNA-stykke er meget MINDRE end den nuværende 23S-enhed på 2900 nucleotider, og dette protoribosom var FRI for protein"

Jeg tror nu du misforstår lidt hvad jeg siger. Det er rigtigt at de i artiklen søger efter et "protoribosom" som er fri for stabiliserende proteiner, men grunden til at det er spændende at finde frem til om sådan et protoribosom kunne tænkes at have eksisteret er jo netop at ribosomet er så central en del af al nuværende liv pga dets funktion som protein-syntesemaskine.
På et eller andet tidspunkt må protoribosomet/ribosomet jo ifølge evolutionsteorien have begyndt at producere proteiner.
Det er her jeg taler om at de mindst 20 forskellige tRNA enheder skulle være tilgængelige. Hver unik tRNA (rna-streng med påhæftet kræver adskillige enzymer til at dannes)

Endnu inden protoribosomet blev istand til at producere proteiner skulle det selvfølgelig være istand til at replikere sig selv, hvilket ville kræve.

A: At ribosomet så skulle have to så forskellige roller som at katalysere peptidsyntese og RNA-syntese.
B: syntese af de 4 ribonukleotider, hvilket igen skulle inkludere:
1. syntese af en enantiomer af ribose (den forkerte enantiomer terminerer RNA strengen)
2. syntese af de 4 baser (dannes idag vha enzymer i 11 trin af mindst 5 forskellige enzymer) (de 4 baser findes ikke i Miller/Urey lignende forsøg)
3. sammenkobling af ribose, base og phosphat til ribonukleotidet

Lars BJ:
"Der var relativt komplekst cellebaseret liv på jorden for 3.8 mia år siden"

Ja, det blev skabt sådan.

Lars BJ:
"men forstadierne var selvfølgelig simplere: Det første "liv" var sandsynligvis ikke cellebaseret, men en slags symbiose mellem mange forskellige syntesemaskiner, der til sidst blev omsluttet af en membran."

Ja, de fleste forskere har ersattet RNA-world hypothesis med pre-RNA-world hypothesis. Der gives dog ikke seriøse forklaringer på hvad det skulle være for en slags liv eller som du kalder det "maskiner" blot endnu et tilbagetog for ET.
Da Miller i sin tid lavede hans berømte forsøg og fandt små mængder aminosyrer i "ursuppen" når han bestrålede denne var man overbevist om at det første liv var proteinbaseret. Denne hypotese måtte dog forkastes da man indså at de aldrig ville kunne replikere sig selv.
Næste skridt var watson og Cricks opdagelse af DNA dobbelt helixen. Aha DNA (og senere RNA) baseret første liv.
Næste skridt pre-RNA liv (i mangel af bedre) idet de fleste origin of life forskere har indset at de 4 nukleobaser (eller bare nogle af dem) umuligt kunne dannes under betingelserne i "ursuppen"

Hvad mon næste forslag bliver... Der er bl.a. foreslået TNA- eller GNA-baseret pre-RNA liv(Threose og Glycerol). Min favorit er PNA baseret liv (fordi PNA (peptide nucleic acid) blev udviklet i DK i 1990erne :-) )

mvh
Morten

Hej Morten,

Det artiklen handler om, er ikke livets oprindelse, men udviklingen af ribosomet.

Din modstand mod dette er en generel modstand mod hele evolutionslæren, ikke en specifik kritik af, at artiklen rent faktisk anviser evolutionære veje for ribosomet: Du ruller alle mulige irrelevante forbehold op, som skyldes, at du er kreationist og derfor ALDRIG vil acceptere nogen som helst foreslået evolutionær rute for livet.

Det er derfor, du kommer med det sædvanlige kreationistargument: Alt dette vil kræve, at disse og disse ting er udviklet i forvejen.

Med al respekt kan du overhovedet ikke konkludere dette ud fra denne artikel. Den viser KUN, hvilke forstadier ribosomet har haft, ikke de dertil hørende proteinfri enzymer, som har dannet det t-RNA-aminosyre-kompleks, som ribosomets proteinsyntesemaskine skal virke på. Faktisk synes jeg ikke, artiklen udtaler sig om, hvordan dette t-RNA har set ud, så du kan ikke postulere noget som helst om, hvad der skal være til stede, for at protoribosomet kan fungere.

De siger heller ikke noget om, hvordan ribosomet blev syntetiseret, om der var andre ribozymer involveret, eller om det indeholdt sin egen replikase, hvilket ikke synes at være tilfældet.


Og det sidste afsnit viser ikke just indsigt i forskningens arbejdsmåder: Hvorfor kritiserer du forskningen for at modficere sin opfattelse af det tidlige liv? Ville du heller have, at man klamrede sig til Millers hypoteser, bare fordi de var de første?

Er det en svaghed ved videnskab, at modeller justeres i forhold til den viden, man får?


mvh
LarsBj

At nogen viser eller forklarer et eller andet er langt fra noget éntydigt.
Man kan forklare et fænomen ved at henvise til en modelbeskrivelse. Det er helt fint i mangel af konkrete eksempler fra den virkelige verden. Men det forvirrer læserne, når man undlader at oplyse, at det er en modelbeskrivelse, der leverer forklaringen.
Eksempel: ”Det kan forklares, at livet er opstået af rent materielle årsager”. Udsagnet forvirrer læserne, men det er ikke et usandt udsagn, hvis der faktisk eksisterer modelbeskrivelser, der forsøger at forklare, hvordan livet kan tænkes at være opstået af ikke-liv.
At sådanne modelbeskrivelser er tvivlsomme og uden meget hold i virkeligheden ændrer ikke på, at de er ”forklaringer” (eller rettere forsøg på forklaring).

Med venlig hilsen
hoeg

Videnskabelige modeller er i høj grad baseret på virkeligheden. En model er et ekstrakt af virkeligheden, der i en overskuelig form forsøger at forklare vigtige pointer.
Eksempel: Atommodellen.
Bilogisk eksempel: En receptor-hormonbinding forklaret som nøgle-i-låsmodel.
Et andet eksempel: Afbildning af ribosom og protoribosom i en nyligt publiceret Nature-artikel om ribosomets udvikling.

At beskrive sådan noget som "gætteri" er en fornærmelse.

mvh
LarsBj

h: - At sådanne modelbeskrivelser er tvivlsomme og uden meget hold i virkeligheden ændrer ikke på, at de er ”forklaringer” (eller rettere forsøg på forklaring).
l: - At beskrive sådan noget som "gætteri" er en fornærmelse.

hej Lars!

Det var en model for en tænkt overgang fra død til levende natur, jeg mente med udsagnet ovenfor. Jeg er meget enig i, at "... afbildning af ribosom og protoribosom i en nyligt publiceret Nature-artikel om ribosomets udvikling," er en præcis model.

Men jeg forstår ikke helt dit udsagn, om at ".. en model er et ekstrakt af virkeligheden, der i en overskuelig form forsøger at forklare vigtige pointer."

Hvis det er en kendt proces, der kan iagttages, har jeg ingen problemer. Hvis det er en hypotetisk proces, for eksempel forløbet fra A til B, kan en model selvfølgelig også bruges. Men i så fald vil det kun være A og B, eller B alene, der eksisterer i virkeligheden.

Med venlig hilsen
hoeg

Det har Hoeg faktisk svaret på:

Hoeg: "Jeg er amatør og derfor ikke kvalificeret til at læse og forstå faglige artikler i videnskabelige tidsskrifter".

Samtidig ligger det også klart, at det logisk set må være dig Hoeg, der gætter - i og med, at du ikke er kvalificeret til at læse og forstå kildeteksterne til de emner, du diskuterer.

Logikeren: - Samtidig ligger det også klart, at det logisk set må være dig Hoeg, der gætter - i og med, at du ikke er kvalificeret til at læse og forstå kildeteksterne til de emner, du diskuterer.

hej Logiker!

Det er ikke gætteri, da jeg ikke forholder mig til noget i den nævnte Nature-artikel, som jeg ikke har læst. Noget har jeg imidlertid fundet ud af, nemlig at en forklaring kan være flere ting.

Eksempel: Man kan bruge en model til at vise, at der sker en proces fra stadie A til stadie B.

Hvis processen kan observeres i den virkelige verden, er modeller gode pædagogiske værktøjer.

Hvis kun stadie A og stadie B kan observeres, mens processen fra at komme fra A til B er ukendt, kan modellen give et forslag til en hypotetisk proces (evolution).

I så fald kan modellen kun give et gæt på, hvordan processen er sket.

Min pointe er, at en forklaring kan indeholde teorier eller hypoteser, der ikke kan observeres direkte i den virkelige verden. I så fald er det uheldigt, hvis læseren opfatter en forklaring som noget, der faktisk kan observeres i den virkelige verden.

Med venlig hilsen
hoeg

Hej Hoeg

Hvorfor citerer du så fra den pågældende Nature-artikel, hvis ikke du "forholder dig til noget i" den?

Hoeg: "Det var en model for en tænkt overgang fra død til levende natur, jeg mente med udsagnet ovenfor. Jeg er meget enig i, at "... afbildning af ribosom og protoribosom i en nyligt publiceret Nature-artikel om ribosomets udvikling," er en præcis model".

Og hvordan kan du i øvrigt erklære dig enig i, at "... afbildning af ribosom og protoribosom i en nyligt publiceret Nature-artikel om ribosomets udvikling," er en præcis model"?

Det stemmer ikke overens med din erkendelse af, at du ikke er kvalificeret til at læse og forstå artikler i videnskabelige tilsskrifter - hvilket tidsskiftet Nature jo er.

Jeg forstår i øvrigt ikke (selv med min bedste vilje), hvad du skriver om modeller og pædagogiske værktøjer. Det står meget uklart, ja helt uforståeligt for mig, hvad du mener.

Jeg tilskriver uklarheden, at du forsøger at få mig til at forstå, hvad du ikke selv forstår. Hvilket jeg vil anse for at være en umulig pædagogisk opgave.

Vi lader dette stå som de sidste ord i en efterhånden noget trøsteløs og negativ person-debat.